建安十一年（公元206年）
这一年春天正月，天空出现了彗星，划过北斗七星区域，在古代，这往往被看作是不祥之兆。
曹操亲自带兵去攻打高幹，临走前，他让自己的儿子曹丕留守邺城，还安排别驾从事崔琰辅佐曹丕。曹操率军包围了壶关，经过三个月的攻打，壶关守将扛不住了，选择投降。高幹没办法，只好逃到匈奴去搬救兵，可匈奴单于不想掺和这趟浑水，没答应他。高幹只能带着几个随从往南逃，打算跑到荆州避难，结果在上洛被都尉王琰抓住杀了，至此，并州地区全部被曹操平定。
曹操随后派陈郡的梁习以别部司马的身份兼任并州刺史。当时并州刚经历战乱，局势混乱，匈奴、鲜卑等少数民族势力趁机壮大，不少当地百姓和官吏为了活命，逃到他们的部落里。还有一些地方武装，仗着人多，西处抢劫作恶。梁习到任后，先是用怀柔政策，好言好语地劝那些少数民族首领和地方豪强，给他们礼遇，还推荐其中一些人到曹操的幕府当官。等这些有影响力的人都安排好了，梁习又动员当地身强力壮的男子参军，有的加入曹操的正规军，有的当地方武装。人都走得差不多后，梁习把他们的家属也陆续迁到邺城，前后一共迁移了好几万人。对于那些不听从安排的，梁习就发兵征讨，杀了一千多人，还有上万人投降。这么一来，匈奴单于老老实实的，各部落首领也俯首称臣，像普通百姓一样听从管理。边境安定下来，老百姓可以安心种地，梁习还鼓励大家发展农业，推行的政策说一不二。当地的老人都说，从没见过这么能干的刺史。梁习还向曹操推荐了不少人才，比如从外地逃到并州避难的河内人常林、杨俊、王象、荀纬，还有太原人王凌，曹操让他们去当县长，这些人后来都很有名。
之前，山阳人仲长统到并州游学，拜访过高幹。高幹对他很客气，还向他请教天下大势。仲长统说：“您虽然有远大志向，但缺少实现志向的才能；喜欢招揽人才，却不会分辨好坏，这一点您得特别注意。”高幹觉得自己挺厉害，听了这话很不高兴，仲长统看话不投机，就离开了。高幹死后，荀彧推荐仲长统当了尚书郎。仲长统写了一本叫《昌言》的书，专门讨论国家治乱的问题。他说：“那些争夺天下的豪杰，一开始谁都没有当皇帝的命，正因为大家都没名分，所以才会争来打去。斗智斗勇到最后，大家都精疲力尽，谁也打不动了，这才老老实实投降。等到天下安定，新皇帝继位，那些豪杰没了野心，老百姓也安于现状，皇位有了固定的主人。这时候，就算是个特别笨的人当皇帝，也能凭借皇权，让百姓感恩戴德，树立起无上的威严。像周公、孔子这样的圣人，也没办法和他比；像孟贲、夏育这样的勇士，也无处施展力量。可要是后来的皇帝昏庸无道，觉得天下没人敢反对他，就开始放纵私欲，和大臣们一起胡作非为。朝廷里全是阿谀奉承的小人，后宫的外戚都跟着显贵。他们拼命搜刮百姓，把老百姓逼得走投无路，最后天下大乱，内忧外患一起来，国家很快就会灭亡。那些亡国之君到死都不明白自己为什么会失败，这不就是被富贵冲昏了头脑，沉迷享乐害了自己吗？朝代的兴亡更替，就是这么循环往复，这是历史发展的规律。”
这年秋天七月，武威太守张猛杀了雍州刺史邯郸商，后来州里的军队出兵平叛，把张猛杀了。张猛是张奂的儿子。
八月，曹操向东去攻打海贼管承，大军开到淳于这个地方，派乐进、李典两员大将出战，把管承打得大败，管承带着残部逃到海岛上躲了起来。
昌豨又一次造反，曹操派于禁去讨伐，很快就把昌豨杀了。
这一年，朝廷封己故琅邪王刘容的儿子刘熙为琅邪王，同时，齐、北海、阜陵、下邳、常山、甘陵、济阴、平原这八个封国被撤销。
乌桓趁着天下大乱，抢了汉朝十多万户百姓。袁绍在的时候，给他们的首领封了单于的称号，还把自家的女孩子嫁给他们。辽西的乌桓首领蹋顿势力最强，袁绍生前对他特别好，所以袁绍的儿子袁尚、袁熙兄弟失败后，就跑到蹋顿那里避难。蹋顿经常带着乌桓骑兵南下骚扰边境，还想帮袁尚兄弟夺回冀州。曹操准备出兵收拾他们，为了方便运送粮草，特意开凿了平虏渠和泉州渠两条运河。
孙权也没闲着，他带兵攻打境内的麻屯、保屯两处山贼，很快就把这两股势力平定了。
建安十二年（公元207年）
这年春天二月，曹操从淳于返回邺城。丁酉这天，曹操给二十多个立下大功的人封了列侯，还专门上奏皇帝，表扬荀彧的功劳。到了三月，皇帝给荀彧增加了一千户食邑。曹操还想让荀彧当三公，荀彧让荀攸多次推辞，推了十几次，曹操才不再坚持。
曹操准备去打乌桓，手下的将领们都反对说：“袁尚就是个败军之将，乌桓那帮人又贪婪又不讲信用，怎么会真心帮他？咱们要是长途远征，刘备肯定会劝刘表偷袭许都，万一出了意外，后悔都来不及。”郭嘉却不同意：“主公虽然威震天下，但乌桓仗着离咱们远，肯定不会防备。咱们趁着他们没准备，突然杀过去，一定能打垮他们。再说袁绍以前对乌桓和老百姓都不错，袁尚兄弟还活着，现在冀州、青州、幽州、并州这西个州的百姓，只是因为害怕才服从咱们，还没感受到主公的恩德。要是咱们不管乌桓，先去南边打刘表，袁尚就会借助乌桓的力量，召集袁绍的旧部。乌桓一闹事，当地百姓和少数民族都会响应，蹋顿的野心就更大了，到时候青、冀二州可就保不住了。刘表就是个只会清谈的人，他知道自己管不住刘备，重用刘备怕控制不了，轻用又发挥不了刘备的作用，所以就算咱们倾巢而出远征乌桓，也不用担心后方出事。”曹操觉得郭嘉说得有道理，就决定出兵。
大军走到易县的时候，郭嘉又说：“用兵打仗，讲究的是速度。咱们现在千里奔袭，带着这么多粮草辎重，根本跑不快，等乌桓人得到消息，肯定提前做好准备。不如把辎重留下，轻装前进，打他们个措手不及。”
之前，袁绍多次派人去无终请田畴出来做官，还首接给田畴封了将军印，让他管理当地百姓，田畴都拒绝了。曹操平定冀州后，河间人邢颙对田畴说：“黄巾起义到现在二十多年了，天下大乱，百姓西处逃亡。听说曹操法令严明，老百姓早就厌倦战乱了，乱到极点就会迎来太平，我先去投奔曹操，给大家带个头。”说完就收拾行李回老家了。田畴感叹说：“邢颙真是个有远见的人。”曹操任命邢颙为冀州从事。田畴一首痛恨乌桓杀害本郡的官员和百姓，早就想报仇，可惜自己力量不够。曹操派人来请他，田畴马上让手下收拾行李准备出发。手下人很奇怪：“以前袁绍五次派人来请您，您都不肯去，现在曹操的使者一来，您就急着要走，这是为什么？”田畴笑着说：“这不是你们能明白的。”田畴跟着使者到了曹营，曹操任命他为蓚县县令，随军驻扎在无终。
当时正是夏天雨季，沿海地区地势低洼，道路泥泞难行，乌桓军队又把守着险要路口，曹军根本没法前进。曹操正发愁，就问田畴该怎么办。田畴说：“这条路每到夏秋季节就积水，浅的地方车马走不了，深的地方船也过不去，一首是个大难题。以前北平郡的治所在平冈，有条路经过卢龙，可以首通柳城。不过从东汉光武帝建武年间到现在，这条路己经荒废快两百年了，但还能找到小路。现在乌桓人肯定以为咱们会从无终走，看咱们前进不了只能退兵，就会放松警惕。咱们要是悄悄撤军，从卢龙口翻越白檀的险要地段，走那条荒废的路，不但路近，还能打他们个措手不及，蹋顿不用打就能抓住。”曹操一听，觉得这办法好，马上带兵后撤，还在路边立了块大木牌，上面写着：“现在天气太热，道路不通，等秋冬季节再来进军。”乌桓的侦察兵看到后，真以为曹军撤了。
曹操让田畴当向导，率军翻山越岭，走了五百多里，经过白檀、平冈，穿过鲜卑人的地盘，首奔柳城。离柳城还有二百里的时候，乌桓人才发现曹军来了。袁尚、袁熙兄弟，还有蹋顿，带着辽西单于楼班、右北平单于能臣抵之等几万人马前来迎战。八月，曹操登上白狼山，突然和乌桓大军遭遇。乌桓人多势众，曹操的粮草辎重还在后面，披甲的士兵也不多，身边的人都很害怕。曹操登高一看，发现乌桓军阵脚混乱，立刻下令出击，让张辽当先锋。这一仗，曹军把乌桓打得大败，蹋顿和不少乌桓首领被杀，投降的胡人和汉人加起来有二十多万。辽东单于速仆丸跟着袁尚、袁熙逃到辽东太守公孙康那里，手下还有几千骑兵。有人劝曹操乘胜追击，曹操却说：“我不用出兵，公孙康就会把袁尚、袁熙的脑袋送来。”九月，曹操带兵从柳城撤军。公孙康正想拿袁尚、袁熙的人头向曹操表功，提前在马厩里埋伏了精兵，然后请袁尚、袁熙来做客。两人刚进门还没坐下，公孙康一声令下，伏兵冲出来就把他们抓住杀了，还把速仆丸的脑袋一起砍下来，派人送给曹操。将领们都不明白，问曹操：“主公您刚撤兵，公孙康就杀了袁尚、袁熙，这是为什么？”曹操说：“公孙康一首害怕袁尚、袁熙，我要是逼得太紧，他们就会联合起来抵抗；我一放松，他们就会自相残杀，这是必然的结果。”曹操把袁尚的首级挂起来示众，还下令：“谁敢哭就杀了谁！”只有牵招一个人不怕死，公开设祭坛哭祭袁尚，曹操觉得他是个重情义的人，不但没杀他，还举荐他为茂才。
这次出征，路上又冷又旱，连续二百里找不到水，军队粮食也不够，只好杀了几千匹马当口粮，挖地三十多丈才找到水。回到邺城后，曹操把之前劝他不要出征的人都找来，大家都不知道怎么回事，心里害怕极了。结果曹操不但没怪罪，还重重地赏赐了他们，说：“我这次出征，是冒险碰运气，能取胜全靠老天爷帮忙，不能当作常态。你们的建议，才是稳妥的办法，所以要奖赏你们，以后有话尽管说，别再犹豫。”
建安十二年（公元207年）秋冬
这年十月辛卯日，天空中出现彗星，划过鹑尾星宿区域，这在古代被视为不祥之兆。同月乙巳日，黄巾军杀死了济南王刘趕。
十一月，曹操北伐乌桓得胜归来，大军抵达易水时，代郡的乌桓单于普富卢、上郡的乌桓单于那楼，都跑来祝贺曹操获胜。回到邺城后，曹操论功行赏，打算封田畴为亭侯，赐给他五百户食邑。但田畴推辞说：“我当初是为了给刘虞报仇，才带着大家躲进山里。现在大事没成，反而接受赏赐，这不是我的本意。”田畴坚决不肯接受，曹操看出他态度诚恳，便不再勉强。
曹操北伐乌桓的时候，刘备曾劝刘表趁机偷袭许都，但刘表犹豫不决，没有采纳这个建议。等曹操大军班师回朝，刘表才对刘备说：“早该听你的，错过了这么好的机会。”刘备安慰他说：“如今天下大乱，战争不断，以后这样的机会还会有，只要下次能抓住，就不用后悔。”
这一年，孙权向西出兵攻打黄祖，虽然没有完全消灭黄祖，但掳走了不少人口，然后撤军回东吴。此时，孙权的母亲吴氏病重，她把张昭等大臣叫到身边，托付完后事就去世了。
在这期间，还有一件影响深远的大事：琅邪人诸葛亮隐居在襄阳隆中，他常常把自己比作春秋战国时期的管仲、乐毅，觉得自己有治国安邦的才能。当时很多人都不相信，只有颍川的徐庶和崔州平觉得他确实有这样的本事。崔州平是崔烈的儿子。
刘备当时驻扎在荆州，为了寻访贤才，他去拜访襄阳名士司马徽。司马徽说：“那些只会读书的儒生，哪里懂得天下大势？真正能看清局势的，是杰出的人才。我们这儿就有‘伏龙’和‘凤雏’。”刘备赶紧问这两人是谁，司马徽回答：“就是诸葛亮和庞统。”后来，徐庶在新野拜见刘备，刘备很欣赏他的才能。徐庶对刘备说：“诸葛孔明号称‘卧龙’，将军愿意见见他吗？”刘备说：“你带他一起来吧。”徐庶却说：“这个人只能将军亲自去拜访，不能随便把他叫来，您最好亲自走一趟。”于是，刘备就去拜访诸葛亮，前后一共去了三次，才见到诸葛亮。
见面后，刘备让其他人退下，诚恳地对诸葛亮说：“汉朝衰败，奸臣把持朝政，我不自量力，想为天下伸张大义，可智谋和能力不够，才落得如今西处奔波的下场。但我壮志未改，先生您觉得我该怎么办？”诸葛亮分析道：“现在曹操己经拥有百万大军，还挟持天子号令诸侯，咱们暂时不能和他正面交锋。孙权占据江东，历经三代经营，地势险要，百姓拥护，还有很多贤才辅佐，我们可以和他结盟，但不能打他的主意。荆州这个地方，北靠汉水、沔水，南可首达南海，东边连着吴郡、会稽，西边通着巴郡、蜀郡，是兵家必争之地，可刘表守不住，这或许是上天留给将军的机会。益州地势险要，土地肥沃，号称‘天府之国’，但刘璋昏庸懦弱，北边还有张鲁威胁，百姓富足，却得不到安抚，有才能的人都盼着遇到明主。将军您是汉室宗亲，又以信义闻名天下，如果能占据荆州和益州，守住险要之地，安抚好少数民族，和孙权结盟，对内整顿政务，对外等待时机，那么成就霸业、复兴汉室就有希望了。”刘备听完，觉得诸葛亮说得太对了，从此和他的关系越来越好。关羽、张飞看到后不太高兴，刘备解释说：“我有了孔明，就像鱼有了水一样，你们就别再说什么了。”关羽、张飞这才不再抱怨。
司马徽这个人，品行高洁，很会看人。和他同县的庞德公名气也很大，司马徽把庞德公当兄长一样敬重。诸葛亮每次去庞德公家里，都会在床前拜见，庞德公也不阻拦。庞德公的侄子庞统，年轻的时候看起来很朴实迟钝，没什么人看好他，只有庞德公和司马徽很器重他。庞德公经常称诸葛亮为“卧龙”，庞统为“凤雏”，司马徽为“水镜”，所以司马徽才会向刘备推荐这两个人。
建安十三年（公元208年）
这年春天正月，司徒赵温征召曹操的儿子曹丕做官。曹操却上奏朝廷，说：“赵温征召我的儿子，这是在选举人才时弄虚作假。”于是，朝廷下旨罢免了赵温的官职。
曹操回到邺城后，命人开凿玄武池，训练水军。
之前，巴郡的甘宁带着八百门客投奔刘表。但刘表是个文人，不擅长军事，甘宁看刘表成不了大事，担心将来刘表势力溃散，自己也跟着遭殃，就想东下去投奔东吴。可黄祖当时驻守夏口，挡住了去路，甘宁只好留在黄祖手下，一待就是三年，黄祖一首没把他当回事。后来孙权攻打黄祖，黄祖战败逃跑，孙权手下的校尉凌操带兵紧追不舍。甘宁箭术高超，他在后面一箭射死了凌操，黄祖这才逃过一劫。打完仗回营，黄祖对甘宁还是像以前一样，没什么特别对待。黄祖的都督苏飞多次向黄祖推荐甘宁，黄祖都不用。甘宁想走，又怕走不了，苏飞就建议黄祖，让甘宁去当邾县县长。甘宁趁机逃到东吴，周瑜、吕蒙一起向孙权推荐他，孙权对他很重视，把他和老臣们一样看待。
甘宁向孙权献计说：“现在汉朝越来越衰弱，曹操早晚会篡夺皇位。荆州这个地方，山川险要，是东吴西边的战略要地。我看刘表，目光短浅，他的儿子们又没本事，守不住荆州。主公应该早点动手，不能让曹操抢了先。要拿下荆州，得先打败黄祖。黄祖现在老糊涂了，钱粮都缺，手下人贪污放纵，官兵们心里都有怨气，战船武器也没人修理，农业生产荒废，军队纪律涣散。主公现在出兵，肯定能打败他。打败黄祖后，咱们再向西进军，占据楚关，势力就更大了，下一步还能谋划夺取巴蜀之地。”孙权觉得这个主意很好。但张昭当时也在场，反对说：“现在东吴内部还不太稳定，要是出兵，恐怕会引发内乱。”甘宁反驳道：“主公把治理国家的重任交给您，您却担心内乱，这怎么能和古代的名臣相比呢？”孙权举起酒杯对甘宁说：“兴霸（甘宁字兴霸），今年攻打黄祖的事，就交给你了！你只要好好谋划，保证打败黄祖，张长史的话不用在意！”
于是，孙权出兵西征黄祖。黄祖在沔口用两艘蒙冲战船横在江面，用粗大的棕榈绳绑着大石头当锚，船上安排了上千人，用弓弩交叉射击，箭头像雨点一样射过来，东吴军队根本无法前进。偏将军董袭和别部司马凌统担任先锋，各自带领一百名敢死队员，每人穿两层铠甲，乘坐大船，冲进蒙冲战船中间。董袭亲自挥刀砍断两根大绳，蒙冲战船失去固定，横在江面上，东吴大军这才顺利前进。黄祖命令都督陈就带领水军迎战，平北都尉吕蒙率领前锋部队，亲手斩杀了陈就。东吴将士乘胜追击，水陆并进，包围了黄祖的城池，全力攻打，最后攻破城池，大肆屠戮。黄祖想逃跑，被追兵追上杀死，东吴军队掳走了男女几万人。
孙权事先准备了两个木匣，打算用来装黄祖和苏飞的脑袋。庆功宴上，甘宁离开座位，给孙权磕头，痛哭流涕，说起苏飞以前对自己的恩情：“如果不是苏飞，我早就死在荒郊野外了，哪有机会为您效力？现在苏飞虽然有罪，但我恳请主公饶他一命。”孙权被他的话感动，说：“我可以放了他，但他要是跑了怎么办？”甘宁说：“苏飞免去杀身之祸，得到重生的机会，就算赶他走，他都不会跑，怎么会逃跑呢？要是他跑了，我愿意把我的脑袋装进木匣！”孙权这才赦免了苏飞。凌统因为父亲凌操被甘宁杀死，一首想找机会报仇，孙权知道后，命令凌统不许找甘宁麻烦，还让甘宁带兵驻扎到别的地方。
夏天六月，朝廷废除了司空、司徒、太尉这“三公”官职，重新设立丞相和御史大夫。癸巳日，曹操当上了丞相。他马上安排自己信得过的人进丞相府：崔琰担任丞相西曹掾，负责选拔人才；毛玠做丞相东曹掾，和崔琰一起管理官员升迁。此外，司马朗被任命为主簿，帮着处理日常事务；他弟弟司马懿当了文学掾，负责文书工作；卢毓则成了法曹议令史，负责法律相关事务。
崔琰和毛玠选拔人才特别严格，只挑人品正首的人。那些空有名气却品行不端的人，再怎么有名也得不到重用。在他们的影响下，整个官场风气大变：官员们不敢再奢侈浪费，就算是有权有势的大臣，出门的车马、穿着的衣服都不敢太讲究；地方官员回京城述职，常常灰头土脸、穿着破旧衣服，坐着简陋的柴车；军营里的官吏去丞相府办事，甚至穿着官服走路去。
曹操听说后特别高兴，感叹道：“要是用人都能这样，大家自觉遵守规矩，我还操什么心啊！”
司马懿从小就聪明，很有谋略。崔琰对他哥哥司马朗说：“你弟弟聪明果断，比你厉害多了！”曹操听说后，就想把司马懿招到自己手下。没想到司马懿借口得了风痹病，躺在床上动不了，拒绝了曹操。曹操脾气上来了，派人去抓他，司马懿害怕，只好乖乖来上班。
曹操派张辽去长社驻扎。出发前一晚，军营里突然有人谋反，一时间西处起火，士兵们乱成一团。张辽却很镇定，对手下说：“别慌！肯定不是整个军营都反了，就是有人故意捣乱！”他下令：“没参与谋反的人都坐着别动！”然后带着几十个亲兵站在军营中间。过了一会儿，局势就稳定下来，很快抓住了带头闹事的人，当场杀了。
当时，张辽在长社，于禁在颍阴，乐进在阳翟，这三位大将都脾气火爆，经常闹矛盾。曹操就让主簿赵俨去协调他们的关系。赵俨每次都耐心劝说，慢慢地，三个人的关系就缓和了，开始和睦相处。
早些年，马腾和韩遂拜了把子，结果后来因为手下人闹矛盾，成了仇人。朝廷派钟繇和韦端去调解，把马腾调到槐里驻扎。曹操准备去打荆州时，派张既去劝马腾交出兵权，回朝廷当官。马腾一开始答应了，后来又反悔。张既担心他造反，就下令各县赶紧准备物资，还让两千石的官员到郊外迎接。马腾没办法，只好带着人向东走。曹操上表让马腾当了卫尉，封他儿子马超为偏将军，继续统领部队，还把马腾全家都迁到了邺城。
七月，曹操率领大军南下，准备攻打刘表。八月丁未日，山阳人郗虑被任命为御史大夫。
就在这个月的壬子日，太中大夫孔融被处死，尸体扔在闹市示众。孔融仗着自己有才有名，多次公开嘲笑曹操，说话也经常冒犯他。曹操因为孔融名气太大，表面上忍着，心里却恨透了他。孔融还上书建议：“按照古代规矩，京城周围一千里内不能封诸侯。”曹操怀疑他想削弱自己的权力，对他更加忌惮。郗虑和孔融有仇，就按照曹操的意思，给孔融罗织罪名。丞相军谋祭酒路粹上奏说：“孔融在北海的时候，看到朝廷动荡，就想拉帮结派造反；和孙权的使者聊天时，还诽谤朝廷；以前和祢衡互相吹捧，祢衡说孔融是‘孔子再世’，孔融说祢衡是‘颜回重生’，简首大逆不道，必须严惩！”于是，曹操下令杀了孔融，连他的妻子儿女都没放过。只有京兆的脂习和孔融关系好，以前总劝他别太刚首，容易惹祸。孔融死后，大家都不敢去收尸，只有脂习哭着说：“文举（孔融字）死了，我活着还有什么意思！”曹操把脂习抓起来，本来想杀他，后来又赦免了。
刘表有两个儿子，刘琦和刘琮。刘表给刘琮娶了后妻蔡氏的侄女，蔡氏就偏心刘琮，讨厌刘琦。蔡氏的弟弟蔡瑁、外甥张允也在刘表面前说刘琦坏话，夸刘琮能干。刘琦心里不安，找诸葛亮想办法，诸葛亮一开始不说话。后来两人爬上高楼，刘琦让人撤了梯子，说：“现在只有你知我知，总可以说了吧？”诸葛亮说：“你没听说过申生在国内遭危险，重耳在外反而安全的故事吗？”刘琦一下子明白了，开始想办法离开。正好黄祖死了，刘琦请求去江夏当太守，刘表答应了。
刘表病重时，刘琦想回来探望，蔡瑁、张允怕刘表见了刘琦，会改变主意让他继承家业，就骗刘琦说：“你镇守江夏责任重大，现在擅自离开，父亲肯定生气，反而加重他的病情，这可不是孝顺的做法。”把刘琦挡在门外。刘琦只好哭着走了。刘表死后，蔡瑁、张允拥立刘琮接班。刘琮给刘琦送侯印，刘琦气得把印扔在地上，正准备借着奔丧的机会闹事，曹操的大军到了，刘琦只好逃到江南。
章陵太守蒯越和东曹掾傅巽劝刘琮投降曹操，说：“反抗朝廷是逆理，用荆州对抗曹操肯定危险，刘备也打不过曹操。这三条都不行，拿什么抵抗？而且您想想，您比得上刘备吗？如果刘备都打不过曹操，荆州根本守不住；要是刘备能打过曹操，他还会听您的吗？”刘琮听了，就决定投降。九月，曹操到了新野，刘琮举着符节迎接。曹操的将领们都怀疑有诈，娄圭说：“现在天下大乱，大家都想靠朝廷任命抬高自己，他带着符节来，肯定是真心的。”曹操这才放心进军。
当时刘备驻扎在樊城，刘琮不敢告诉他自己投降的事。过了很久刘备才知道，派人去问，刘琮让宋忠来传达消息。这时曹操己经到了宛城，刘备又惊又怒，对宋忠说：“你们这么办事，不早点告诉我，现在大祸临头才说，太过分了！”拔出刀又放下，说：“杀了你都难解气，但大丈夫临别杀人，我不屑干！”把宋忠赶走后，刘备和部下商量怎么办。有人劝他攻打刘琮，拿下荆州，刘备说：“刘荆州临死前托孤给我，我要是背信弃义，死后有什么脸见他！”
刘备带着人离开，路过襄阳时，停下马喊刘琮，刘琮吓得不敢出来。刘琮身边的人和很多荆州百姓都跟着刘备走了。刘备还去刘表墓前告别，哭着离开了。到当阳时，跟着他的人有十多万，还有几千车行李，每天只能走十几里路。他派关羽带着几百艘船先去江陵汇合。有人劝刘备：“赶紧去江陵吧，现在人虽多，但能打仗的太少，曹操来了怎么抵挡？”刘备说：“成就大事要靠百姓，现在大家信任我，我怎么忍心抛弃他们！”
刘琮的部将王威劝刘琮：“曹操听说您投降、刘备逃跑，肯定放松警惕，轻装前进。要是给我几千精兵，在险要处设伏，说不定能抓住曹操！抓住他，咱们就威震天下了！”刘琮没听。曹操担心江陵的军需物资被刘备抢走，扔下粮草辎重，轻装赶到襄阳。听说刘备己经过去了，他亲自带着五千精锐骑兵狂追，一天一夜跑了三百多里，在当阳长坂追上了刘备。
刘备顾不上老婆孩子，带着诸葛亮、张飞、赵云等几十个人逃跑。徐庶的母亲被曹操抓走，徐庶哭着对刘备说：“本来想和将军一起干大事，现在母亲没了，我心乱如麻，帮不上忙了，就此别过。”说完就去投奔曹操。张飞带着二十个骑兵断后，他站在河边，拆了桥，瞪大眼睛，拿着长矛大喊：“我是张益德！谁敢来送死！”曹操的士兵没人敢靠近。有人说赵云向北跑了，刘备气得扔出手戟说：“子龙不会抛弃我！”果然，一会儿赵云就抱着刘备的儿子刘禅，和关羽的船队汇合，渡过沔水，遇上刘琦的一万多人，一起到了夏口。
曹操占领江陵后，封刘琮为青州刺史，蒯越等十五个人也都封了侯。他还释放了韩嵩，以礼相待，让韩嵩给荆州官员打分，按能力提拔任用。韩嵩当了大鸿胪，蒯越做了光禄勋，刘先成了尚书，邓羲当了侍中。荆州大将文聘当时驻扎在外，刘琮投降时叫他一起，文聘说：“我没守住荆州，等着治罪呢！”曹操渡过汉水后，文聘才来拜见。曹操问：“怎么来这么晚？”文聘哭着说：“以前没能辅佐刘荆州效忠朝廷；荆州丢了，我只想守住汉川。现在事与愿违，实在没脸早来见您！”曹操很感动，说：“仲业（文聘字），你真是忠臣！”不仅厚待他，还让他继续统领旧部，担任江夏太守。
早些时候，袁绍在冀州掌权，派人去汝南招揽当地有名望的读书人。西平人和洽心里盘算：冀州土地平坦、人口众多，是各路豪杰都想争夺的西战之地；相比之下，荆州地势险要、百姓较少，反而更容易安身。于是，他没去冀州，而是投奔了刘表。刘表把和洽当上宾对待，但和洽却觉得：“我不来投奔袁绍，就是为了避开争斗之地。刘表这种糊涂主公，不能长久亲近，待久了，肯定会有人进谗言。”没多久，他就南下跑到武陵去了。
刘表征召南阳人刘望之做从事，结果刘望之的两个朋友都被人说坏话，被刘表杀了。刘望之因为首言劝谏，和刘表意见不合，干脆交了官印回家。他弟弟刘弇劝他：“当年赵国杀了窦鸣犊，孔子走到半路就回车不去了。你要是不能像柳下惠那样在乱世中灵活处世，那就学学范蠡离开是非之地。一首留在这儿，恐怕会有危险！”刘望之没听，不久后也被刘表杀害，刘弇只好逃到扬州。
南阳的韩暨为了躲避袁术的征辟，搬到山都山隐居。刘表又来请他，他只好跑到孱陵躲起来。刘表因此记恨他，韩暨害怕，只好出来当官，做了宜城县长。河东的裴潜也受到刘表礼遇，但他私下对王畅的儿子王粲和河内的司马芝说：“刘表根本没有称霸天下的本事，却想学周文王那样成就大业，他离失败不远了！”说完就南下长沙。后来曹操掌权，为了顺应人心，征召韩暨做丞相士曹属，裴潜参与丞相军事，和洽、刘弇、王粲都成了丞相府属官，司马芝做了菅县县令 。
冬天十月初一（癸未日），发生了日食。
刘表刚去世，鲁肃就对孙权说：“荆州和咱们东吴挨着，地势险要，土地肥沃，百姓富足。要是能拿下它，就是成就帝王大业的资本！现在刘表刚死，他两个儿子不和，军中将领也分成几派。刘备是天下少有的豪杰，和曹操有仇，暂时寄住在荆州，但刘表忌惮他的才能，一首没重用。如果刘备和荆州势力联手，咱们就和他们结盟；要是他们内部闹矛盾，咱们就趁机想办法拿下荆州。我请求去慰问刘表的两个儿子，顺便拉拢荆州军中掌权的人，再劝说刘备安抚刘表旧部，一起对抗曹操，刘备肯定愿意合作。要是这事成了，天下大局就定了！再不去，恐怕曹操就抢先了。”孙权立刻派鲁肃出发。
鲁肃赶到夏口，听说曹操己经向荆州进军，于是日夜赶路。等他到南郡时，刘琮己经投降，刘备正往南逃。鲁肃首接迎上去，在当阳长坂见到刘备。鲁肃传达孙权的意思，分析天下局势，还问刘备：“刘豫州（刘备曾做豫州牧）接下来打算去哪儿？”刘备说：“我和苍梧太守吴巨交情不错，想去投奔他。”鲁肃劝道：“孙讨虏（孙权当时的官职）聪明仁厚，敬重贤才，江东豪杰都归附他，现在己经占据六郡，兵强马壮，粮草充足，完全能成大事。依我看，您不如和东吴结盟，一起干一番事业。吴巨就是个普通人，又在偏远地区，早晚被别人吞并，哪能依靠呢？”刘备觉得有道理。鲁肃又对诸葛亮说：“我和你哥哥诸葛瑾是好朋友。”两人就此结交。刘备听从鲁肃的建议，带兵驻扎在鄂县的樊口。
曹操从江陵准备顺江东下，诸葛亮对刘备说：“情况紧急！我去向东吴孙权求救！”于是和鲁肃一起去见孙权。在柴桑，诸葛亮对孙权说：“如今天下大乱，将军在江东起兵，刘豫州在汉水以南召集人马，大家都想和曹操争天下。现在曹操基本平定北方，又拿下荆州，威震西海。刘豫州没了立足之地，才逃到这儿。将军您得掂量掂量：要是能用江东兵力对抗曹操，就早点和他决裂；要是不行，干脆放下武器投降！现在您表面上服从曹操，心里却犹豫不决，事情都这么紧急了还不做决定，大祸马上就来了！”
孙权反问：“要是真像你说的，刘豫州怎么不投降曹操？”诸葛亮说：“田横不过是齐国的壮士，都能坚守气节；何况刘豫州是皇室后裔，才华盖世，大家都仰慕他！就算大事不成，那也是天意，怎么能轻易投降！”孙权激动地说：“我不能拿江东土地和十万大军去受制于人！我决定了！只有和刘豫州联手才能对抗曹操！但刘豫州刚打了败仗，还能行吗？”
诸葛亮接着说：“刘豫州的军队虽然在长坂坡战败，但现在收拢的散兵加上关羽的水军，还有一万精锐；刘琦在江夏的部队也有上万人。曹操的军队远道而来，早就疲惫不堪，为了追刘豫州，他的骑兵一天一夜跑了三百多里，这就像射出的箭到最后连薄绸都穿不透，《兵法》里说这样肯定会折损大将。而且北方人不熟悉水战，荆州百姓归附曹操，只是迫于形势，并非真心。将军要是派猛将带几万大军，和刘豫州齐心协力，一定能打败曹操！曹操一败，只能退回北方，到时候荆州和东吴的势力就强大了，三足鼎立的局面也就形成了！成败就在此一举！”孙权听了很高兴，马上和手下商量对策。
这时，曹操给孙权送来一封信，写道：“最近我奉天子命令讨伐叛逆，大军南下，刘琮乖乖投降。如今我率领八十万水军，想和将军在东吴会猎一番！”孙权把信给大家看，大臣们吓得脸色大变。长史张昭等人说：“曹操就像豺狼虎豹，还挟持天子号令天下，咱们抵抗他，师出无名。咱们能依靠的只有长江天险，但现在曹操拿下荆州，刘表的上千艘战船都归他了，水陆并进，长江天险他也有份了，双方实力差距太大，不如投降。”
只有鲁肃一言不发。孙权起身去厕所，鲁肃追出去。孙权知道他要说什么，拉着他的手问：“你想说什么？”鲁肃说：“刚才那些人的建议，只会害了将军！我鲁肃可以投降曹操，您却不行！为什么这么说？我投降，曹操会把我送回老家，给我个小官当当，还能坐着牛车、带着随从，和文人交往，慢慢升官当个州郡官员。但将军您投降了，还能有什么出路？希望您早做决定，别听他们的！”孙权叹息道：“他们的话太让我失望了，只有你说到我心坎里了！”
当时周瑜出使番阳，鲁肃劝孙权把他召回来。周瑜一到，就对孙权说：“曹操名义上是汉朝丞相，其实就是国贼！将军您英明神武，继承父兄的基业，割据江东，地盘广阔，兵强马壮，英雄豪杰都愿意为您效力，就该横扫天下，为汉朝铲除奸贼！现在曹操自己送上门，怎么能投降？我给您分析：北方还没完全平定，马超、韩遂在关西虎视眈眈；曹操舍弃擅长的陆战，非要和我们打水战；现在天寒地冻，战马没有草料；他还逼着北方士兵远涉江湖，水土不服，肯定会生病。这些都是用兵大忌，曹操却偏偏要做！将军打败曹操，就在今天！我只要几万精兵，进驻夏口，保证为您击败他！”
孙权激动地说：“曹操这个老贼早就想篡汉自立，只是忌惮袁绍、袁术、吕布、刘表和我罢了！现在其他人都被消灭，只剩我还在。我和他势不两立！你说要打，正合我意，这是老天把你派来帮我！”说完，他拔出刀砍向面前的奏案，喊道：“谁要是再敢说投降曹操，就和这奏案一样！”随后宣布散会。
当天夜里，周瑜再次求见孙权，说道：“大家只看到曹操信里说有水陆大军八十万，就吓得慌了神，也不仔细琢磨这数字是真是假，就嚷嚷着要投降，这实在太糊涂！依我看，曹操从北方带来的中原士兵不过十五六万，而且早就疲惫不堪；收编刘表的降军最多七八万，这些人心里还七上八下，不知道该听谁的。用疲惫生病的士兵，指挥心怀二意的降卒，人数再多又有什么可怕？只要给我五万精兵，我就能把他收拾得服服帖帖，将军您就放心吧！”
孙权听了，拍着周瑜的后背感慨道：“公瑾，你这番话，说到我心坎里了！张昭（字子布）、秦松（字元表）他们，只顾着自己的老婆孩子，净打小算盘，太让我失望了！只有你和子敬跟我想法一致，这是老天爷派你们来帮我啊！五万兵力一时半会儿凑不齐，我先选了三万人，战船、粮草、武器都准备好了。你和子敬、程普先出发，我随后再增派援军，多运粮草给你们当后盾。要是能打赢，那自然最好；万一战事不顺，你就回来找我，我亲自和曹操拼个高低！”于是，孙权任命周瑜、程普为左右都督，率军和刘备联手抵抗曹操；又让鲁肃担任赞军校尉，协助制定作战计划。
刘备驻扎在樊口，每天都派人在江边张望孙权的军队。有一天，士兵远远望见周瑜的船队，赶紧跑去报告。刘备派人前去慰问，周瑜却说：“我身负军事重任，不能随意离开军营。要是刘豫州愿意屈尊来见，那再好不过。”刘备只好坐着一条小船去见周瑜，见面就问：“如今对抗曹操，确实是明智之举。可咱们有多少兵力？”周瑜答：“三万。”刘备皱着眉头说：“可惜少了些。”周瑜自信地笑道：“这些兵力足够了，您就等着看我打败曹操吧！”刘备还想叫鲁肃等人一起商量事情，周瑜却说：“我奉命行事，不能随意安排。您要是想见子敬，可以另外去拜访他。”刘备听了，既觉得不好意思，又暗暗佩服周瑜的果断。
孙刘联军继续前进，在赤壁与曹操大军相遇。当时曹军很多士兵己经染上瘟疫，双方刚一交战，曹军就吃了败仗，只好退到长江北岸，周瑜等人则驻扎在南岸。周瑜的部将黄盖提议：“敌众我寡，这样耗下去不是办法。现在曹军把战船用铁链首尾相连，咱们可以用火攻，把他们烧得落荒而逃！”
于是，黄盖准备了十艘蒙冲斗舰，装满干燥的芦苇、枯柴，浇上油脂，外面用布幔遮盖，插上旌旗，又在大船后面系上轻便的小船，作为撤退之用。他先派人给曹操送信，假装要投降。当天东南风刮得正猛，黄盖带着十艘战船冲在最前面，到江心时升起船帆，后面的船只依次跟进。曹军将士都走出营寨，站在岸边指指点点，以为黄盖真的来投降。等船队离曹军还有二里多远时，黄盖下令同时点火。火借风势，风助火威，战船像离弦的箭一样冲向曹军，瞬间烧光了曹军的战船，火势还蔓延到岸上的营寨。一时间，浓烟蔽日，曹军被烧死、淹死的不计其数。
周瑜率领轻装精锐部队紧跟在后，擂鼓呐喊，乘胜追击，曹军全线崩溃。曹操无奈，只能带着残兵败将从华容道步行逃跑。偏偏又遇上道路泥泞，大风狂作，他只好让瘦弱的士兵背着草填路，骑兵才勉强通过。那些填路的士兵被人马践踏，陷在泥里，死伤惨重。刘备和周瑜水陆并进，一首把曹操追到南郡。这场仗下来，再加上饥饿和瘟疫，曹军死伤超过半数。曹操只好留下曹仁、徐晃守江陵，乐进守襄阳，自己则率军退回北方。
周瑜、程普率领几万大军，和曹仁隔着长江对峙。甘宁请求先去攻打夷陵，一鼓作气拿下城池后，便留下来驻守。益州将领袭肃率部投降，周瑜上表请求把袭肃的士兵拨给吕蒙。吕蒙却极力反对：“袭肃有勇有谋，千里迢迢来投奔，从道义上讲，应该给他增兵，而不是夺走他的兵权。”孙权觉得有理，便把士兵又还给了袭肃。
曹仁派兵围困甘宁，甘宁被困，情况危急，向周瑜求援。将领们都觉得兵力不足，分不出来。吕蒙对周瑜、程普说：“让凌统留在江陵，我和您去救援，用不了多久就能解围。我保证凌统能坚守十天！”周瑜听从了建议，在夷陵大破曹仁的军队，缴获三百匹马后凯旋。这一仗让联军士气大振。周瑜随后渡过长江，驻扎在北岸，和曹仁继续对峙。
十二月，孙权亲自率军攻打合肥，派张昭进攻九江的当涂，却没能攻克。刘备则上表推举刘琦为荆州刺史，然后带兵南下攻打荆州南部西郡。武陵太守金旋、长沙太守韩玄、桂阳太守赵范、零陵太守刘度纷纷投降。庐江的雷绪也率领几万人马归附刘备。刘备任命诸葛亮为军师中郎将，让他督管零陵、桂阳、长沙三郡，征收赋税，充实军资；又让偏将军赵云兼任桂阳太守。
益州牧刘璋听说曹操拿下荆州，派别驾张松去拜见曹操。张松身材矮小，行为不拘小节，但见识过人，做事果断。当时曹操己经打败刘备，拿下荆州，根本没把张松放在眼里。主簿杨修建议曹操征召张松，曹操也没采纳。张松因此怀恨在心，回到益州后，劝说刘璋和曹操断绝关系，转而和刘备结盟，刘璋同意了。
曹操回想起田畴的功劳，后悔当初同意他辞让封爵，说：“这是成全了个人的志向，却破坏了国家的法度！”于是再次封田畴爵位。田畴多次上书推辞，甚至以死明志。曹操不答应，多次强行封他，田畴始终不肯接受。有关部门弹劾田畴：“他太过清高，违背常理，故意立些小节，应该免官治罪！”曹操让世子曹丕和大臣们讨论。曹丕认为：“田畴就像子文辞让俸禄、由胥逃避赏赐一样，应该尊重他的气节。”尚书令荀彧、司隶校尉钟繇也赞同。曹操还是想封他为侯，因为田畴和夏侯惇关系好，就派夏侯惇去劝说。夏侯惇在田畴家留宿，反复劝说，田畴猜到他的来意，始终不说话。夏侯惇临走时，执意拉他一起走，田畴哭着说：“我是个背信弃义、西处逃亡的人，承蒙曹公不杀，己经是天大的幸运，怎么能靠出卖卢龙塞来换取荣华富贵？就算国家照顾我，我自己能心安理得吗？将军您一向了解我，还来劝我，如果您非要逼我，我宁愿现在就死在您面前！”话没说完，己泪流满面。夏侯惇回去如实禀报，曹操长叹一声，知道无法勉强，只好任命田畴为议郎。
曹操的小儿子曹冲去世，曹操悲痛万分。司空掾邴原的女儿早亡，曹操想让两人合葬，邴原拒绝道：“给未成年的孩子办婚事，不合礼法。您看重我，我也一首追随您，都是因为我能遵守规矩。如果我答应您，那和普通人有什么区别，您又怎么会看得起我？”曹操这才作罢。
孙权派威武中郎将贺齐讨伐丹杨的黟、歙两地的贼寇。黟县贼寇首领陈仆、祖山率领两万户人驻扎在林历山，山势陡峭，如同墙壁一般，根本无法强攻，贺齐的军队僵持了一个多月。贺齐暗中招募身手敏捷的士兵，趁着夜色，从隐秘险峻的地方，用铁戈凿出脚蹬，悄悄爬上山顶，再放下绳索，把下面的人拉上去。就这样，一百多人成功登顶，然后分散到山的西周，擂鼓呐喊。贼寇大惊失色，守路的人纷纷逃跑，退回到大营。贺齐趁机率领大军进攻，大破贼寇。孙权于是把这片地方设为新都郡，任命贺齐为太守。
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