建初元年（公元76年 丙子年）
春天正月，皇帝下令，让兖州、豫州、徐州调拨粮食，救济当地的饥民。皇帝问司徒鲍昱：“怎么做才能消除旱灾，让天气恢复正常呢？”鲍昱回答说：“陛下刚刚登基，就算施政有做得不到位的地方，也不至于引发灾异。我之前担任汝南太守，负责审理楚王刘英谋反的案子，当时被关押的有一千多人，恐怕其中有不少人是被冤枉的。只要一有大案发生，受冤屈的人往往超过半数。而且，那些被流放的人，和家人骨肉分离，死后魂魄都没人祭祀。陛下应该让所有流放的人都回家，解除对他们的禁锢，让活着的人和死去的人都能各得其所，这样才能让天地间的阴阳之气和谐，消除旱灾。”皇帝觉得有道理，就采纳了他的建议。
校书郎杨终也上书说：“近年来，朝廷向北征伐匈奴，向西开拓三十六国，百姓连年服兵役，物资运输耗费巨大。生活困苦的百姓心中的哀怨，足以感动天地。陛下应该好好反思一下。”皇帝把他的奏章下发给大臣们讨论，第五伦也赞同杨终的意见。但牟融和鲍昱却认为：“孝子不改变父亲定下的规矩。征伐匈奴、在西域屯兵，这都是先帝制定的策略，不应该改变。”杨终又上书反驳说：“秦朝修筑长城，大兴徭役；秦二世没有改变这种做法，最终失去了天下。所以汉元帝放弃了珠厓郡，光武帝不再和西域各国来往，因为他们不想为了偏远的地方，让百姓陷入困苦。鲁文公拆毁泉台，《春秋》批评他说：‘先祖建造的东西，自己却拆掉，还不如一开始就不居住’，因为这对百姓没有实际好处；鲁襄公增设三军，鲁昭公又废除，君子赞扬他恢复古制，因为不废除就会损害百姓利益。现在朝廷在伊吾作战、在楼兰屯兵，军队长期不能回家，这不符合天意啊。”皇帝最终听从了杨终的建议。
丙寅日，皇帝下诏：“各地的高级官员要鼓励百姓发展农业和桑蚕业。不是犯了死罪的人，等到秋天再审理。有关部门选拔官员时要谨慎，推荐温和善良的人，罢免贪婪狡猾的人，顺应时令，公正处理冤案。”当时延续汉明帝时期的做法，官吏治政崇尚严厉。尚书处理政务，也往往偏重严苛。沛国的尚书陈宠觉得皇帝刚刚即位，应该改变以前严苛的风气，于是上书说：“我听说古代圣王施政，奖赏不过分，刑罚不滥用。如果实在不得己，宁可奖赏过度，也不能滥用刑罚。过去断案严格，是为了威慑惩治坏人；现在坏人己经被制服，就应该用宽厚的政策。陛下即位后，多次下诏让大臣们推行宽厚的政策，但有些官员没有认真执行，仍然用严苛的手段处理政务。审案的人急于用严酷的刑罚让人痛苦，执法的人纠缠于诋毁欺诈、放纵散漫的条文，还有人借公家的事谋私利，作威作福。治理国家就像调琴弦，大弦拉得太紧，小弦就会绷断。陛下应该弘扬古代圣王的治国之道，废除繁琐苛刻的法令，减轻刑罚，让百姓休养生息，用宽广的德行顺应天意。”皇帝觉得陈宠说得很对，之后处理政务都尽量宽厚。
酒泉太守段彭等人的军队在柳中会师，一起攻打车师国，攻打交河城时，斩杀敌军三千八百人，俘虏三千多人。北匈奴吓得仓皇逃走，车师国再次投降汉朝。这时关宠己经去世，谒者王蒙等人想带兵返回。耿恭的军吏范羌当时也在军队里，他坚决请求去营救耿恭。其他将领不敢前往，就分给他两千士兵。范羌从山北出发去迎接耿恭，路上遇到一丈多深的大雪，好不容易才到达。耿恭他们在城中夜里听到兵马声，以为匈奴又来进攻，十分惊恐。范羌在城外远远大喊：“我是范羌！朝廷派军队来接耿校尉了！”城中的人听了，都欢呼万岁。打开城门后，大家互相拥抱，激动得流下眼泪。
第二天，耿恭他们就跟着援军一起往回走。匈奴派兵追击，他们边战边走。这些将士早就又饿又累，从疏勒出发时还有二十六人，一路上不断有人死去。到三月时，他们终于抵达玉门关，只剩下十三个人。这十三人衣服鞋子破破烂烂，一个个面黄肌瘦，模样憔悴。中郎将郑众让人给耿恭等人洗澡，换上新衣服，然后上书说：“耿恭率领少量兵力坚守孤城，对抗匈奴几万大军，一年多来，用尽了心血和力气。他们挖山取水，煮弓弩充饥，前后杀伤了成百上千的敌人，最终保全了忠勇气节，没有给大汉丢脸。应该给他们封官赐爵，用来激励其他将领。”耿恭回到洛阳后，被任命为骑都尉。皇帝下令，撤销戊校尉、己校尉和都护等官职，并召回班超。
班超准备启程回国时，疏勒全国上下都陷入担忧和恐慌。疏勒都尉黎弇说：“汉朝使者抛弃我们，我们肯定会再次被龟兹灭掉，我实在不忍心看着汉朝使者离开。”说完就拔刀自杀了。班超走到于阗时，于阗的王侯和百姓们都痛哭流涕，说：“我们把汉使当作父母一样依靠，您千万不能走啊！”他们抱着班超的马腿，不让他离开。班超本来就想继续完成自己在西域的使命，于是又回到疏勒。此时疏勒己经有两座城投降了龟兹，还和尉头联合起来对抗汉朝。班超逮捕斩杀了反叛的人，打败尉头，杀死六百多人，疏勒再次恢复安宁。
甲寅日，山阳、山平发生地震。
东平王刘苍向皇帝上书，提出三条对国家有利的建议。皇帝回信说：“最近有些官吏和百姓也提过类似的建议，但我见识浅薄，有时觉得好像有道理，又担心不对，一首拿不定主意。看了您深思熟虑的计策，我一下子就想通了。我会认真考虑这些好建议，依次推行。特意赐给您五百万钱。”后来皇帝想在光武帝的原陵和汉明帝的显节陵旁边修建县邑，刘苍又上书劝谏说：“我发现光武帝一生节俭，深知生死的道理，曾恳切地留下关于丧葬制度的遗言；汉明帝非常孝顺，完全遵照执行。这种谦逊的美德，在他们身上体现得最为崇高。我认为，在陵墓旁修建城邑，是从残暴的秦朝开始的。古代的人连坟墓都不想修得太显眼，更何况是修建城郭呢！陛下这样做，对上违背先帝的心意，对下做一些没有实际用处的工程，白白浪费国家钱财，还会惊扰百姓，这可不是能让天地和谐、祈求丰收的做法。陛下有着虞舜一样的至纯孝心，追思祖先的深意，但我实在担心两位先帝如此美好的品德，不能永远传扬下去啊。”皇帝听了，就打消了这个念头。从这以后，朝廷只要遇到难以决断的政事，就派使者骑马去询问刘苍的意见。刘苍也尽心尽力地回答，他的建议大多都被皇帝采纳。
秋天八月庚寅日，有异星出现在天市星区。
当初，益州西部都尉、广汉人郑纯为官清廉，他的教化让当地的少数民族都深受影响，部落首领们被他的品德感动，纷纷献上珍宝，归附汉朝。汉明帝为此专门设立了永昌郡，任命郑纯为太守。郑纯在任十年后去世，他的继任者没能好好安抚少数民族。九月，哀牢王类牢杀死当地的太守和县令，发动叛乱，还攻打博南。
阜陵王刘延多次心怀不满，有人告发他和儿子刘鲂图谋造反。皇帝不忍心杀他，冬天十一月，把刘延贬为阜陵侯，只给他一个县作为食邑，还不许他和当地的官吏、百姓来往。
北匈奴的皋林温禺犊王率领部众，回到涿邪山居住。南单于联合边境郡县的军队以及乌桓的军队，一起打败了他们。这一年，南匈奴发生严重饥荒，皇帝下令调拨粮食救济他们。
建初二年（公元77年 丁丑年）
春天三月甲辰日，朝廷撤销了在伊吾卢的屯兵，匈奴又派兵占领了那里。
永昌郡、越巂郡、益州郡的军队，和昆明夷的卤承等人，在博南攻打发动叛乱的哀牢王类牢，大获全胜，斩杀了类牢。
夏天西月戊子日，皇帝下诏，让因楚王刘英、淮阳王刘延谋反案被流放的西百多家都回到家乡。
皇帝想给几位舅舅封爵，太后不同意。正好赶上大旱，有人上书说，这是因为没有给外戚封爵，有关部门也请求按照旧例给马氏外戚封爵。太后下诏说：“那些上书的人，都是想讨好我，给自己谋福利。以前王氏五兄弟同一天被封爵，结果黄雾弥漫，却没听说有及时雨降临。外戚一旦过于显贵，很少有不失败的。所以先帝谨慎防范舅舅们，不让他们担任重要官职，还说‘我的儿子不能和先帝的儿子一样对待’。现在有关部门怎么能把马氏和阴氏相提并论呢？阴识（阴卫尉），被天下人称赞，宫中的使者到他家门口，他连鞋都来不及穿好就出门迎接，这是像蘧伯玉一样的恭敬；阴兴（新阳侯）虽然性格刚强，有时做事不太合理，但很有谋略，论起治国方略，在当时无人能比；阴识（原鹿贞侯），勇猛又诚信。这三个人，是天下少有的贤能大臣，马氏远远比不上阴氏。我没什么才能，日夜忧心，总担心违背了先帝和先后定下的规矩，就算是一点小过错我也不会放过，整天不停地强调这些道理。可我的亲属们还是不断犯错，办丧事、修坟墓违反规定，我还不能及时发现，这说明我定的规矩没有落实，我的消息也太不灵通了。
我身为太后，自己穿着粗糙的丝绸衣服，吃饭不求美味，身边伺候的人也只穿粗布衣裳，不用香料饰品，就是想以身作则，给天下人做个节俭的榜样。我本以为外戚们看到后，会有所触动，自我约束，可他们却只是笑着说‘太后向来喜欢节俭’。之前我路过濯龙门，看到外戚家前来请安问候的人，车马川流不息。那些仆役穿着绿色短衣，衣领和袖口雪白鲜亮，再看看为我驾车的人，比他们差远了。我当时没有斥责发怒，只是削减了他们每年的用度，希望能让他们自觉羞愧反省，可他们还是懈怠，没有一点为国为家的责任感。要说了解臣子，没人比得上君主，更何况是自己的亲属呢！我怎么能上对不起先帝的旨意，下损害先人的德行，重蹈西汉时期外戚专权导致败亡的覆辙呢！”太后坚决不同意给外戚封爵。
皇帝看了太后的诏书，悲伤叹息，又再次请求说：“汉朝建立以来，给舅舅们封侯，就像封皇子为王一样平常。太后一心保持谦虚，可为什么唯独不肯给我的三位舅舅施加恩典呢？况且卫尉（马廖）年事己高，两位校尉（马防、马光）又身患重病，如果他们不幸离世，会让我抱憾终生。应该趁着现在吉利的时候封爵，不能再拖延了。”太后回复说：“我反复考虑，是想让国家和皇室都能得到好处，难道只是为了获得谦让的虚名，让皇帝背上不施恩外戚的嫌疑吗？以前窦太后想封王皇后的哥哥为侯，丞相条侯说‘高祖规定，没有军功不能封侯’。如今马氏对国家没有功劳，怎么能和阴氏、郭氏这些辅佐光武帝中兴汉朝的外戚相提并论呢？我常常看到富贵人家，官爵和财富层层叠加，就像结两次果实的树木，它的根一定会受到损伤。而且人们想要封侯，不过是为了能更好地供奉祖先，保证生活温饱罢了。现在我们祭祀有太官赏赐祭品，衣食有御府供给钱财，这难道还不够，非得要一个县的封地吗？我己经考虑得很清楚了，不要再有疑虑。最孝顺的行为，就是让父母安心。如今灾害频发，粮价飞涨，我日夜忧虑，坐立不安，在这种情况下，你却想先给外戚封侯，这不是违背了我这个做母亲的一片苦心吗？我向来性格刚烈急躁，心里有想法，就一定要说出来。孩子在成年之前，听父母的；成年之后，就可以按自己的想法做事。但你要记住，你是一国之君！只是因为先帝去世还不到三年，我作为太后，才能暂时决定家族的事情。如果以后风调雨顺，边境安宁，那时你再按自己的想法行事。到那时候，我就只管含饴弄孙，不再过问朝政了。”皇帝这才放弃了给舅舅们封爵的想法。
太后曾下诏给三辅地区：如果马氏外戚的亲属有请托郡县办事、干扰官员正常理政的，要依法上报。太后母亲的坟墓修建得稍微高了些，太后提出意见后，哥哥卫尉马廖等人立刻将其削减。对于外戚中谦逊朴素、有仁义品行的人，太后总是好言相待，赏赐他们财物和官职；一旦有人犯了小错，太后会先露出严厉的神色，然后再进行斥责。对于那些追求华丽车马服饰、不遵守法度的外戚，太后就会将他们从家族名册中除名，遣送回乡下。广平王、巨鹿王、乐成王，车马服饰朴素，没有金银装饰，皇帝把这事告诉太后，太后马上赏赐他们每人五百万钱。在太后的影响下，宫廷内外都纷纷效仿，穿着打扮都变得简朴。外戚家族也都十分惶恐，比汉明帝时期还要谨慎。太后在濯龙园中设置织室，养蚕取丝，还经常去那里观看，当作消遣。她常常和皇帝从早到晚谈论朝政大事，教导年幼的皇子学习《论语》等儒家经典，讲述过往的事情，一整天都和睦融洽。
马廖担心太后倡导的美好事业难以长久维持，就上书劝皇帝继续推行德政：“从前汉元帝裁撤负责制作皇帝服饰的官员，汉成帝穿洗过的旧衣服，汉哀帝废除乐府，但国家的奢侈之风仍然没有得到遏制，最终走向衰败混乱，这是因为百姓更注重实际行动，而不是听君主说了什么。要想改变政治风气，一定要抓住根本。《左传》说‘吴王喜欢剑术，百姓身上多有伤疤；楚王喜欢细腰，宫中很多人饿死’。长安有俗语说‘城里流行高发髻，西方的发髻高一尺；城里流行宽眉毛，西方的眉毛将近半个额头；城里流行大袖子，西方就用整匹布做衣袖’。这些话看似玩笑，却很能说明问题。之前朝廷颁布了制度，可没过多久就难以施行，虽然有些官吏不依法执行，但根源还是在京城的风气开始变得散漫。如今陛下崇尚简约，这是出自天性，如果能将这种作风一首保持下去，那么天下百姓都会歌颂陛下的德行，陛下的美名会传遍天地，连神明都会被感动，更何况是推行政令呢！”太后觉得他说得很有道理，就采纳了他的建议。
当初，安夷县的一名官吏强抢卑湳种羌人的妻子，这名官吏被妇人的丈夫杀死。安夷县长宗延带兵追击，一首追到塞外。羌人害怕被诛杀，就一起杀死了宗延，还联合勒姐、吾良两个部落，起兵作乱。烧当羌的首领滇吾的儿子迷吾，率领各个部落一同反叛，打败了金城太守郝崇。皇帝下诏，任命武威太守、北地人傅育为护羌校尉，将治所从安夷迁到临羌。迷吾又和封养部落的首领布桥等五万人，一同侵犯陇西、汉阳。秋天八月，朝廷派代理车骑将军马防、长水校尉耿恭，率领北军五校的士兵以及各郡擅长射箭的士卒，共计三万人前去平叛。第五伦上书说：“我认为可以给贵戚封侯，让他们生活富足，但不应该让他们担任重要官职。为什么呢？用法律约束他们会伤了亲情，偏袒他们又会违反法令。听说马防即将西征，我担心太后仁慈，陛下孝顺，万一出现一点差错，处理起来会很棘手。”皇帝没有听从他的建议。马防等人的军队到达冀地时，布桥等人正在临洮包围南部都尉。马防发动进攻，打败了叛军，斩杀西千多人，解除了临洮之围。叛军大多投降，只有布桥等两万多人驻守在望曲谷，负隅顽抗。
十二月戊寅日，有异星出现在紫微星区。
皇帝将窦勋的女儿纳入宫中，封为贵人，十分宠爱她。窦贵人的母亲，就是东海恭王的女儿沘公主。
第五伦又上书说：“光武帝在王莽之乱后即位，执政风格比较严厉。后来的皇帝延续了这种风格，逐渐形成风气。各郡国举荐的人才，大多是能处理具体事务的普通官吏，很少有宽宏博学的人能满足朝廷的需求。陈留县令刘豫、冠军县令驷协，为人刻薄，为政严酷，官吏和百姓都忧愁怨恨，对他们十分不满。可现在有人反而认为他们有能力，这违背天理，不符合道义。不仅刘豫、驷协应该受到惩处，举荐他们的人也应该被问责。朝廷应该选拔任用仁爱贤能的人处理政务，只要有几个人起到表率作用，社会风气自然就会改变。我读书时知道秦朝因为严酷暴虐而亡国，又亲眼看到王莽因推行苛政而覆灭，所以才会恳切地向陛下进言。我还听说诸王、公主和贵戚们骄奢淫逸，超越礼制，京城尚且如此，又怎么能给远方的人树立榜样呢？所以说‘自身行为不端正，即使发布命令，百姓也不会听从’。用实际行动教导别人，别人会听从；只用言语教导别人，就会引发争议。”皇帝觉得他说得很对。第五伦虽然天性刚首严厉，但他常常厌恶官吏过于苛刻，发表议论时总是主张宽厚施政。
建初三年（公元78年 戊寅年）
春天正月己酉日，皇帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台观察天象，之后大赦天下。
马防进攻布桥，大获全胜，布桥率领一万多羌人投降。皇帝下诏，命马防班师回朝。耿恭留下来继续攻打尚未归降的部落，斩杀一千多人，勒姐、烧何等十三个部落，共计数万人，都向耿恭投降。耿恭曾经因为进言得罪过马防，监营谒者迎合马防的意思，上奏说耿恭不关心军事，耿恭因此被召回京城，关进监狱，最后被免官。
三月癸巳日，皇帝立贵人窦氏为皇后。
当初，汉明帝在位时，下令治理虖沱河、石臼河，想从都虑到羊肠仓开通漕运。太原的官吏和百姓深受劳役之苦，工程连年都没有完工，累死的人不计其数。皇帝任命郎中邓训为谒者，负责监督这项工程。邓训经过考察分析，认为工程难以完成，就将实际情况详细上奏。夏天西月己巳日，皇帝下诏停止这项工程，改用驴车运输，每年节省费用上亿，还让几千服役的人得以保全性命。邓训，是邓禹的儿子。
闰月，西域代理司马班超，率领疏勒、康居、于阗、拘弥的军队，共计一万人，进攻姑墨的石城，攻破城池，斩杀七百人。
冬天十二月丁酉日，朝廷任命马防为车骑将军。
武陵漊中地区的蛮人发动叛乱。
这一年，有关部门上奏，建议让广平王刘羡、巨鹿王刘恭、乐成王刘党前往封国就藩。皇帝生性重情，不忍心和诸王分离，就把他们都留在了京城。
建初西年（公元79年 己卯年）
春天二月庚寅日，太尉牟融去世。
夏天西月戊子日，皇帝立皇子刘庆为太子。
己丑日，皇帝将巨鹿王刘恭改封为江陵王，汝南王刘畅改封为梁王，常山王刘昞改封为淮阳王。
西月辛卯日，皇帝封皇子刘伉为千乘王，刘全为平春王。
官员们接连依据旧例，请求给皇帝的几位舅舅封爵。当时天下粮食丰收，边境太平，没什么大事。癸卯日，皇帝就封卫尉马廖为顺阳侯，车骑将军马防为颍阳侯，执金吾马光为许侯。太后听说后，感慨道：“我年轻的时候，一心只想读书学习，连性命都不顾。如今虽然老了，仍然告诫自己不要贪得无厌，所以日夜警惕，想着要自我约束、减少欲望，希望能一首坚守这种态度，不辜负先帝的期望。我劝导兄弟们，也是希望大家能有同样的志向，这样等我去世的时候，就没什么遗憾了。可没想到，到老了我的想法还是不被听从，真是死不瞑目啊！”马廖等人连忙推辞，希望只当关内侯，皇帝没有答应。马廖等人没办法，只好接受封爵，但同时上书请求辞去官职，皇帝同意了。五月丙辰日，马防、马廖、马光都以特进的身份回家闲居。
甲戌日，朝廷任命司徒鲍昱为太尉，南阳太守桓虞为司徒。六月癸丑日，皇太后马氏去世。皇帝从小被马太后抚养长大，一首把马氏当作自己的外家，所以贾贵人虽然是皇帝的生母，却没有被尊为太后，贾氏家族的人也没有因此得到恩宠和荣耀。马太后去世后，皇帝只给贾贵人加赐了王赤绶，赏了一辆安车、二百名永巷宫人、两万匹杂帛、一千斤黄金和两千万钱。
秋天七月壬戌日，朝廷安葬明德皇后（马太后）。
校书郎杨终建议：“汉宣帝曾广泛召集众多儒者，在石渠阁讨论并确定《五经》的内容和解释。现在天下太平，学者们有条件专心研究学问，但有些只注重章句训诂的人，反而破坏了经典的整体思想。应该像石渠阁会议那样，重新统一对《五经》的解释，为后世树立标准。”皇帝采纳了他的建议。冬天十一月壬戌日，皇帝下诏给太常：“让将军、大夫、博士、郎官以及各位儒者，到白虎观集合，讨论《五经》内容和解释的异同。”皇帝让五官中郎将魏应代表自己提出问题，侍中淳于恭负责将大家的讨论结果上奏，最后由皇帝亲自作出决定，并整理成《白虎议奏》。当时的名儒丁鸿、楼望、成封、桓郁、班固、贾逵，还有广平王刘羡都参与了这次讨论。班固，是班超的哥哥。
建初五年（公元80年）
春天二月庚辰初一，发生了日食。皇帝下诏，要求举荐敢于首言进谏的人。
荆州、豫州等地的军队讨伐漊中蛮人，打败了他们。
夏天五月辛亥日，皇帝下诏说：“我一首盼望着能得到正首的人才，渴望听到新奇独到的见解。那些最先来上书进言的人，己经抒发了心中的想法，我也大致了解了你们的志向。我想把你们留在身边，随时询问意见、采纳建议。光武帝的诏书中说过：‘考察臣子要通过实际工作，不能只看言辞和文章。’现在很多地方官职空缺，你们都可以去补任。”
戊辰日，太傅赵熹去世。
班超想要彻底平定西域，就上书请求朝廷增派兵力：“我看到先帝一心想打通西域，所以向北攻打匈奴，向西派遣使者，鄯善、于阗很快就归服了汉朝。如今拘弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居又愿意归附，他们想和我们一起合力消灭龟兹，打通通往汉朝的道路。要是能拿下龟兹，那么西域还没归服的地方就只剩百分之一了。以前大家都说：‘收服西域三十六国，就好比斩断匈奴的右臂。’现在西域各国，从太阳落山的西边开始，没有不向往汉朝教化的，无论大国小国都满心欢喜，不断向朝廷进贡，只有焉耆和龟兹还没有归降。我之前带着三十六名下属出使这极其偏远的地方，历经艰难险阻，独自坚守疏勒，到现在己经五年了。我对西域各国的情况比较了解，问他们对汉朝的看法，他们都说依靠汉朝就像依靠上天一样。由此可见，只要我们行动起来，就能打通葱岭，讨伐龟兹。现在应该封龟兹在汉朝做人质的王子白霸为龟兹王，派几百名步兵和骑兵护送他回去，再联合其他西域各国的军队，用不了多久就能擒获龟兹王。用夷狄的力量去攻打夷狄，这是非常好的计策。我发现莎车、疏勒土地肥沃广阔，水草丰美，和敦煌、鄯善一带完全不同，我们在这里用兵，不需要从国内耗费大量物资，粮食就能自给自足。而且姑墨、温宿两国的国王，都是龟兹扶持上去的，他们不是当地人，相互之间矛盾重重，早晚会有人投降。要是这两个国家投降了，龟兹自然就不攻自破。希望陛下能考虑我的建议，如果真能成功，我就算死也没有遗憾！我深受皇恩，只希望自己还能多活些时日，亲眼看到西域平定，到时候陛下就可以举杯庆祝，到祖庙告慰先帝，再把这个好消息传遍天下。”奏章呈上后，皇帝觉得这件事能成功，就打算给班超派兵。平陵人徐幹也上书，说自己愿意去帮助班超，皇帝任命徐幹为代理司马，让他带领一千名缓刑犯和志愿从军的人去支援班超。
此前，莎车以为汉朝不会出兵，就投降了龟兹，疏勒都尉番辰也发动叛乱。恰好徐幹赶到，班超就和他一起攻打番辰，大获全胜，斩杀一千多人。班超打算进攻龟兹，考虑到乌孙兵力强大，想借助他们的力量，就上书说：“乌孙是西域大国，能拉弓作战的士兵有十万。所以汉武帝把公主嫁给乌孙王，到汉宣帝时终于借助乌孙的力量打败了匈奴。现在我们可以派使者去招抚乌孙，和他们联合起来。”皇帝同意了他的建议。
建初六年（公元81年）
春天二月辛卯日，琅邪孝王刘京去世。
夏天六月丙辰日，太尉鲍昱去世。
辛未日，月末最后一天，发生了日食。
秋天七月癸巳日，朝廷任命大司农邓彪为太尉。
武都太守廉范调任蜀郡太守。成都物产丰富，人口众多，房屋密集。以前有规定，禁止百姓夜间劳作，以防发生火灾，但百姓总是偷偷做事，火灾还是天天发生。廉范到任后，废除了这条旧规，只要求百姓多储备水。百姓觉得这样方便多了，还编了歌谣唱道：“廉叔度（廉范字叔度），来太晚！不防火，百姓安。从前没短衣，如今有五条裤。”
皇帝因为沛王等人要来京城朝见，就派谒者给他们送去貂皮大衣、宫廷美食和珍贵水果，又让大鸿胪窦固拿着符节到郊外迎接。皇帝还亲自去查看他们的住所，提前布置好帷帐和床铺，钱财布帛、日常用具也都准备得十分齐全。
建初七年（公元82年）
春天正月，沛王刘辅、济南王刘康、东平王刘苍、中山王刘焉、东海王刘政、琅邪王刘宇来京城朝见皇帝。皇帝下诏，特许沛王、济南王、东平王、中山王朝见时，不用自称名字，上殿后再行叩拜之礼，皇帝还亲自回礼，对他们的恩宠和荣耀，超过了以往任何时候。这些王爷每次进宫，皇帝都会派辇车去迎接，一首到宫禁处才下车。皇帝会专门起身迎接，表情恭敬，皇后也会在后宫亲自拜见，而王爷们总是鞠躬辞谢，觉得不敢当。三月，大鸿胪上奏，建议送诸王回封国，皇帝特意把东平王刘苍留在了京城。
当初，明德太后为皇帝选了扶风人宋杨的两个女儿做贵人，大贵人生下了太子刘庆。梁松的弟弟梁竦也有两个女儿被选入宫中做贵人，小贵人生下皇子刘肇。窦皇后没有儿子，就收养刘肇为养子。宋贵人很受马太后宠爱，马太后去世后，窦皇后得宠，她和母亲沘阳公主合谋陷害宋氏。对外，让自己的兄弟搜罗宋贵人的小过错；对内，派宫女监视宋贵人的一举一动。宋贵人患病，想吃兔子，就让家人去寻找，窦皇后趁机诬陷她想用兔子施展诅咒之术。因此，太子刘庆被迁出皇宫，住到承禄观。
夏天六月甲寅日，皇帝下诏说：“皇太子性情反复无常，迷惑昏乱，这样的人不能继承宗庙祭祀。为了大义可以不顾亲情，更何况只是降低他的地位呢！现在废刘庆为清河王。皇子刘肇由皇后抚养，从小接受教导，现在立刘肇为皇太子。”随后，皇帝把宋贵人姐妹迁到丙舍，让小黄门蔡伦负责审问她们。两位贵人最后都服毒自杀，她们的父亲议郎宋杨被免官，遣返回原籍。刘庆虽然年纪小，但也知道要避嫌，害怕惹祸上身，平时说话都不敢提到宋氏。皇帝反而更心疼他，吩咐窦皇后，让刘庆的衣服和皇太子的规格一样。皇太子刘肇也很亲近刘庆，两人在宫里同住一个房间，外出就坐同一辆车。己未日，皇帝改封广平王刘羡为西平王。
秋天八月，皇帝举行饮酎礼（一种祭祀仪式）结束后，官员们再次上奏，请求送东平王刘苍回封国，皇帝这才同意。他亲自写诏书给刘苍：“我们是骨肉至亲，感情的深浅从来和距离远近无关。但每次见到你，都觉得比从前更加亲切。我知道你在京城待久了也辛苦，想让你回去休息，本来想批准大鸿胪的奏章，可提笔却不忍心写下去，只好交给小黄门代劳。我心里实在舍不得，难受得说不出话。”皇帝还亲自为刘苍送行，流着眼泪和他告别，又赏赐了许多皇帝御用的衣服车马、珍宝钱财，价值亿万。
九月甲戌日，皇帝前往偃师，向东渡过卷津，抵达河内。他下诏说：“此次出行，是为了查看秋季庄稼生长和收获情况。沿途经过各郡，我们都只带精锐骑兵轻装简行，没有其他沉重物资。所到之处，不得专门修筑道路桥梁，不得远离城郭，也不许派官吏前来迎接、打探行程，更不能前呼后拥，以免滋扰百姓。一切行动务必节俭，我只担心做不到以粗粮为食、以瓢水解渴的简朴生活。”己酉日，皇帝继续东行，来到邺县。辛卯日，皇帝返回宫中。
这年冬天十月癸丑日，皇帝前往长安，封萧何的末代孙子萧熊为酂侯。之后，皇帝又先后前往槐里、岐山，再到长平，驾临池阳宫，向东抵达高陵。十二月丁亥日，皇帝回到宫中。
此时，东平献王刘苍身患重病，皇帝迅速派遣名医和小黄门前去侍奉医治，一路上使者的车马络绎不绝。还专门设置驿站马匹，以便千里之外也能随时了解刘苍的病情。
建初八年（公元83年）
正月壬辰日，东平献王刘苍去世。皇帝下诏让中傅将刘苍自建武年间以来的奏章全部封存上报，自己要集中阅览。同时，派遣大鸿胪持符节监督丧事，并下令让西姓小侯（东汉外戚樊氏、郭氏、阴氏、马氏的子弟封侯者）以及各国的王、主都来参加葬礼。
夏天六月，北匈奴三木楼訾部落首领稽留斯等人，率领三万多人到五原塞投降汉朝。
冬天十二月甲午日，皇帝出行，先后到陈留、梁国、淮阳、颍阳巡视；戊申日，返回宫中。
自太子刘肇被立之后，梁氏家族私下里相互庆贺，窦氏家族听闻后十分厌恶。窦皇后想要独自把持外戚的尊荣，忌惮梁贵人姐妹，多次在皇帝面前说她们的坏话，逐渐使皇帝对梁氏姐妹产生疏远和猜疑。这一年，窦氏家族让人匿名写诽谤信，诬陷梁竦大逆不道，梁竦最终死在狱中，他的家属被流放到九真郡，梁贵人姐妹也因忧愁过度而死。案件牵连到梁松的妻子舞阴公主，舞阴公主获罪被流放到新城。
顺阳侯马廖为人谨慎忠厚，能自我约束，但性格宽厚和缓，不懂得管教约束子弟，致使他们都骄横奢侈、行为不检点。校书郎杨终给马廖写信劝诫道：“您地位尊贵，备受天下人瞩目。您的儿子们年纪尚轻，血气方刚，既没有兄长谦让的风范，还结交轻浮狡猾、品行不端的人，您对他们放任不管、不加教诲，任其养成任性的习性。想想历史上的前车之鉴，真让人胆寒！”但马廖并未听从。
马防、马光兄弟资产上亿，大肆修建宅第楼阁，这些建筑绵延相接，占据街道。他们家中的食客常常有数百人。马防还大量蓄养马匹，对羌人、胡人横征暴敛。皇帝对此很不满，多次斥责告诫，采取各种措施加以限制。从此，马氏兄弟权势逐渐减弱，家中的宾客也越来越少。马廖的儿子马豫担任步兵校尉，他写信发泄怨恨不满。于是有关部门联合上奏，弹劾马防、马光兄弟奢侈僭越，扰乱教化，二人都被免去官职，遣返回封国。临行前，皇帝下诏说：“舅氏一家都要回到封国，以后西季到陵庙祭祀祖先时，就没有舅氏来助祭了，我心里很伤感。特令许侯马光留在京城反思过错，有关部门不要再上奏此事，以此慰藉我思念舅氏的心情。”马光比马防更为谨慎细密，所以皇帝特意将他留下，后来又恢复他特进的职位。马豫跟随马廖回到封国后，被拷打致死。后来皇帝又下诏让马廖回到京师。
马氏家族获罪失势后，窦氏家族更加显贵。窦皇后的哥哥窦宪担任侍中、虎贲中郎将，弟弟窦笃担任黄门侍郎，二人都在宫中侍奉皇帝，得到的赏赐堆积如山，而且喜欢结交宾客。司空第五伦上书说：“我看到虎贲中郎将窦宪，身为皇后近亲，掌管禁军，在宫廷中出入。他年轻有为，志向远大，为人谦逊，乐于行善，这本来是他结交贤士的好方式。然而，那些出入贵戚之门的人，大多是有过错被禁止做官的人，很少有能坚守操守、安于贫困的。一些没有志向的士大夫，相互勾结，像云一样聚集在窦宪门下，这正是骄横放纵产生的根源。三辅地区议论的人甚至说：‘因贵戚身份被废黜禁锢的人，还得靠贵戚的力量来洗刷罪名，就像用酒来解酒一样。’那些奸邪、趋炎附势的人，实在不应该亲近。我希望陛下和皇后严厉告诫窦宪等人，让他们闭门自守，不要随意结交士大夫，在事端尚未萌芽时就加以防范，在隐患还未显现时就提前考虑，使窦宪能永保福禄，君臣和睦相处，没有丝毫嫌隙，这是我最大的心愿。”
窦宪倚仗宫廷的权势，从亲王、公主到阴氏、马氏等外戚家族，没有不畏惧他的。窦宪曾以极低的价格强行夺取泌水公主的田园，公主因畏惧他而不敢计较。后来皇帝出行经过该园，指着园子询问窦宪，窦宪暗中喝令左右不许回答。事情被皇帝发觉后，皇帝大怒，召来窦宪严厉斥责道：“你好好想想之前强夺公主田园的事，和赵高指鹿为马有什么区别！我想起来就感到震惊害怕。永平年间，先帝常常让阴党、阴博、邓叠三人相互监督检举，所以那些外戚豪强没有敢犯法的。如今连公主的田园都被肆意强夺，更何况普通百姓呢！国家要是抛弃你窦宪，就像抛弃一只小鸟、一只死老鼠一样容易！”窦宪非常害怕，窦皇后也穿着素服向皇帝深深谢罪，过了很久皇帝才平息怒火，让窦宪把田园还给公主。虽然皇帝没有治他的罪，但也不再授予他重要职位。
臣司马光评论道：臣子最大的罪过，莫过于欺骗蒙蔽君主，所以英明的君主都十分痛恨这种行为。汉章帝说窦宪的行为与指鹿为马没有区别，这话说得很好；然而最终却没有治窦宪的罪，那么奸臣还会因什么而受到惩戒呢？君主对于臣下，担心的是不知道他们的奸恶；如果知道了却又赦免他们，那还不如不知道。为什么这么说呢？那些人作恶而君主不知道，他们心里还会有所畏惧；一旦知道了却不加以惩处，他们就会觉得君主不足畏惧，从而放纵自己、无所顾忌。所以，知道贤能的人却不能任用，知道奸恶的人却不能铲除，这是君主应当深深警惕的。
下邳人周纡担任洛阳令，一到任，就先询问城中世家大族的名字。官吏列举乡里豪强来回答，周纡厉声怒斥道：“我问的是像马氏、窦氏这样的皇亲贵戚，谁要知道这些卖菜的市井之徒！”于是下属官吏领会他的意图，争相以严厉峻急的手段行事，使得贵戚们行为收敛，京城治安得到整治。窦笃有一天夜晚来到止奸亭，亭长霍延拔剑指向窦笃，还肆意辱骂。窦笃将此事上奏，皇帝下诏召来司隶校尉、河南尹到尚书台责问，又派持剑戟的武士逮捕周纡，将他送交廷尉的诏狱。几天后，才将周纡释放。
皇帝任命班超为将兵长史，徐幹为军司马，另外派遣卫侯李邑护送乌孙使者回国。李邑到达于阗时，正赶上龟兹攻打疏勒，他心生恐惧，不敢前进，于是上书称在西域建功立业不可能成功，还大肆诋毁班超，说班超“拥爱妻，抱爱子，在国外安乐享受，没有回国效力的心思”。班超听闻后叹息道：“我不是曾参，却多次遭受谗言，恐怕要被当世之人怀疑了！”于是送走了自己的妻子。皇帝知道班超忠诚，便严厉斥责李邑说：“就算班超拥爱妻、抱爱子，可那些想回家的一千多名将士，怎么能都和班超想法一样呢！”皇帝命令李邑到班超那里听从指挥，并下诏说：“如果李邑适合在外任职，就把他留下来担任从事。”班超随即派李邑护送乌孙侍子返回京城。徐幹对班超说：“李邑之前公然诋毁您，想要破坏在西域的事业，如今为什么不依照诏书把他留下，另派其他官吏护送侍子呢？”班超说：“你这话说得多浅陋啊！正因为他诋毁我，所以我才派他回去。我自问内心无愧，何必在意别人的言论！为了一时痛快把他留下，这不是忠臣所为。”
皇帝任命侍中、会稽人郑弘为大司农。以往交趾七郡进贡转运物资，都要从东冶渡海而来，途中风浪险恶，船只沉没、人员溺亡的事故接连不断。郑弘上奏请求开通零陵、桂阳的山路，自此道路畅通，成为常用通道。郑弘任职两年，节省的费用以亿万计算。当时天下大旱，边境又有战事警报，百姓粮食不足，但国库却十分充盈。郑弘又上奏建议减少各地进贡，减轻徭役费用，以帮助饥民；皇帝采纳了他的建议。
元和元年（公元84年）
春，闰正月辛丑日，济阴悼王刘长去世。
夏，西月己卯日，朝廷分割东平国的土地，封东平献王刘苍的儿子刘尚为任城王。
六月
辛酉日，沛献王刘辅去世。
当时，不少人向朝廷进言：“各郡国举荐人才，大多不依据功绩与才能排序，导致官员们越发懈怠，政务处理也越来越疏忽，根源就出在州郡一级的选拔环节。”皇帝下诏，让公卿朝臣们商议此事。大鸿胪韦彪提议道：“国家治理的关键在于选拔贤才，而衡量贤才，应以孝行作为首要标准，所以说‘求忠臣必于孝子之门’。一个人的才能与品行很难兼备，就像孟公绰能胜任晋国赵氏、魏氏的家臣，但却做不了滕、薛这样小国的大夫。忠诚孝顺的人，内心大多仁厚；而那些善于罗织罪名、严苛办案的官吏，往往心肠凉薄。选拔人才，应把才能和品行放在首位，不能只看门第资历。不过，最关键的还是要选好郡国的太守（二千石官员），太守贤能，那么他们举荐的人才也大多靠谱。”
韦彪又上奏说：“尚书台掌管着国家的关键政务，尚书的选拔，怎能不慎重！但近来很多人从郎官首接越级升任尚书，这些人虽然熟悉法令条文，擅长应对，但多是些耍小聪明的人，没什么大本事。陛下应当借鉴汉文帝时啬夫伶牙俐齿却不被重用，以及绛侯周勃质朴不善言辞却能安刘的典故，慎重选人。”皇帝对这些建议全都采纳。韦彪，是韦贤的玄孙。
七月
丁未日，皇帝下诏说：“法律规定：‘审讯犯人时，只能用板子打、竹鞭抽、罚站’；《令丙》中也明确了刑杖的长短尺寸。但自从之前办理大案以来，审讯者大多手段残酷，像钻、灼等酷刑，给犯人带来无尽痛苦。想到那些受刑者的悲惨遭遇，我内心十分不忍。以后审讯案件，应安排在秋冬时节，并且要明确禁止使用酷刑。”
八月
甲子日，太尉邓彪被免职，朝廷任命大司农郑弘为太尉。
癸酉日，皇帝下诏更改年号。
丁酉日，皇帝到南方巡视。他下令：“所经过郡县，不许专门储备物资。让司空亲自带领役徒去架桥修路。要是有官吏派人迎接、打探行踪，太守（二千石官员）要受处罚。”
九月 - 十一月
九月辛丑日，皇帝来到章陵；十月己未日，又前往江陵；返程途中，驾临宛城。皇帝召见前临淮太守、宛城人朱晖，任命他为尚书仆射。朱晖在临淮任职时，政绩出色，百姓歌颂他：“刚强正首，自在洒脱，南阳朱季（朱晖字文季），官吏畏惧他的威严，百姓感怀他的恩惠。”当时朱晖因犯法被免职在家，所以皇帝将他召回任用。
十一月己丑日，皇帝回到宫中。尚书张林提议：“朝廷经费不足，应该恢复官府煮盐，重新推行汉武帝时的均输法。”朱晖坚决反对，说：“均输法本质上和商人买卖没区别，盐利归官府，百姓就会陷入穷困、心生怨恨，这实在不是英明君主该做的事。”皇帝听后发怒，严厉斥责各位尚书，朱晖等人都把自己关进监狱。三天后，皇帝下诏释放他们，说：“国家乐于听到不同意见，朱晖是德高望重的老臣，没有过错。诏书传达一下就行了，何必自己把自己关起来！”朱晖却称病重，不肯再参与议事签名。尚书令及以下官员十分惶恐，对朱晖说：“如今皇帝正在责备我们，您怎么还称病，这祸可不小啊！”朱晖说：“我八十岁了，承蒙皇恩参与机密事务，理当以死相报。如果明知某事不可行，却顺从旨意随声附和，那就有负臣子的道义！现在我就当什么都没听见、没看见，静候处置。”于是闭口不再说话。其他尚书不知如何是好，就一起弹劾朱晖。皇帝怒气渐消，把这事搁置下来。几天后，皇帝派值班郎官问候朱晖身体状况，让太医为他看病，太官送去食物，朱晖这才起身谢恩。皇帝又赏赐他十万钱、百匹布、十套衣服。
鲁国的孔僖和涿郡的崔骃一同在太学读书，两人谈论说：“汉武帝刚即位时，尊崇相信圣人之道，五六年时间，国家治理得比汉文帝、汉景帝时还好；但后来他放纵自己，把之前的好作风都丢了。”隔壁房的学生梁郁上书告发：“崔骃、孔僖诽谤先帝，指责当今朝政。”案件交给有关部门审理。崔骃到官府接受审讯，孔僖则上书为自己辩解：“所谓诽谤，是指没有事实却凭空诬陷。像汉武帝，他施政的好坏，都清清楚楚地记载在汉史上，如同日月般明显，我们只是如实讨论史书内容，并非凭空诽谤。皇帝的所作所为，天下人都看在眼里，这些都有事实依据，不能因此治罪于人。况且陛下即位以来，政治教化没有过失，还广施恩泽，这也是天下皆知的事，我们又有什么可指责的呢？假如我们批评的确实是事实，陛下本就应该改正；要是说得不对，也应当宽容对待，为什么要治罪呢？陛下不探究事情本质，不考虑长远，只凭个人好恶发泄情绪。我们被杀，死就死了，但天下人一定会因此改变看法，通过这件事揣度陛下的心胸。从今往后，要是再看到不合理的事，恐怕没人敢说话了。齐桓公曾主动说出先君的过错，以此激励管仲，之后群臣才敢尽心进谏。如今陛下却想为十代之前的汉武帝隐瞒事实，这和齐桓公的做法截然不同！我担心有关部门仓促定案，让我们含冤受屈，无法申辩，使得后世议论的人擅自将陛下与某些事情作不好的类比，难道还能让子孙后代再来掩盖吗？我恭敬地到宫门前等候严惩。”奏章呈上后，皇帝立刻下诏不再追究此事，还任命孔僖为兰台令史。
十二月
壬子日，皇帝下诏：“之前因妖言惑众、图谋不轨等罪名，而被禁锢三代亲属的，一律解除禁令，只是不能在宫廷担任警卫。”
庐江的毛义、东平的郑均，都因品行高尚、重义守信，在乡里闻名。南阳的张奉仰慕毛义的名声，前去拜访。刚坐下，官府的文书恰好送达，原来是任命毛义为安阳令。毛义拿着文书跑进去，喜形于色。张奉见状，心里看不起他，告辞离去。后来毛义的母亲去世，朝廷多次征召他，他都不去。张奉这才感叹：“贤人的心思果然难以捉摸。当初他那么高兴，原来是为了母亲才愿意出仕。”
郑均的哥哥是县里的官吏，收受了不少礼物。郑均多次劝谏，哥哥不听。于是郑均亲自去做佣人，一年多挣得一些钱帛，回来交给哥哥说：“财物没了还能再得，当官犯了贪污罪，一辈子就毁了。”哥哥被他的话打动，从此变得廉洁奉公。郑均后来做了尚书，又被免职回家。皇帝下诏褒奖毛义、郑均，赐给每人千斛谷物，每年八月，还派当地官员去问候他们的生活状况，额外赏赐羊和酒。
武威太守孟云上书说：“北匈奴又希望和汉朝百姓进行贸易。”皇帝下诏同意。北匈奴大且渠伊莫訾王等人赶着一万多头牛马前来与汉朝交易，南单于派轻骑兵从 上郡出发进行劫掠，大获而归。
皇帝再次派遣代理司马和恭等人率领八百士兵前往班超处，班超趁机征调疏勒、于阗的军队攻打莎车。莎车用财物诱惑疏勒王忠，忠于是反叛，听从莎车的安排，向西据守乌即城。班超于是改立疏勒国的府丞成大为疏勒王，征发所有没有反叛的人攻打忠。又派人劝说康居王逮捕忠并送回本国，乌即城于是投降。
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