永平西年（公元61年 辛酉年）
春天的时候，皇帝打算出门看看城里的宅邸，还想顺便去河内打猎。东平王刘苍知道后，赶紧上书劝阻。皇帝看了奏章，马上就回宫了。
秋天九月戊寅日，千乘哀王刘建去世，他没有儿子，封国就被朝廷收回了。
冬天十月乙卯日，司徒郭丹、司空冯鲂被免职，朝廷任命河南尹沛国人范迁为司徒，太仆伏恭为司空。伏恭是伏湛哥哥的儿子。
陵乡侯梁松因为心怀不满，还写匿名信诽谤他人，被关进监狱，最后死在狱中。当初，皇帝还是太子的时候，太中大夫郑兴的儿子郑众因为精通儒家经典很有名气。太子和山阳王刘荆就想通过梁松，用细绢和布帛做礼物，请郑众来辅佐。郑众拒绝说：“太子是国家未来的君主，按规矩不能和外界私下交往。汉朝一首有禁令，藩王也不应该私自结交宾客。”梁松劝他：“这是长辈的心意，不好拒绝。”郑众却坚持说：“我宁愿坚守正道而死，也不愿违反禁令犯罪。”最后没去。等到梁松获罪，他的很多宾客都受到牵连，只有郑众没被牵连进去。
于阗王广德率领各国三万士兵攻打莎车国，他用计骗来莎车王贤，把贤杀了，吞并了莎车国。匈奴得知后，发动其他国家的军队包围了于阗，广德没办法只好投降。匈奴就立了贤留在匈奴做人质的儿子不居征为莎车王。但没多久，广德又把不居征杀了，改立不居征的弟弟齐黎当莎车王。
东平王刘苍因为是皇帝的至亲，还帮忙处理朝政，声望越来越高，他心里很不安，前前后后多次上书说：“自从汉朝建立以来，皇室子弟就没有在朝廷公卿位置上任职的。我请求上交骠骑将军的印绶，回到自己的封国去。”言辞十分恳切，皇帝最后同意他回封国，但没让他上交将军印绶。
永平五年（公元62年 壬戌年）
春天二月庚戌日，刘苍辞去官职回到封国。皇帝任命骠骑长史为东平太傅，骠骑掾为中大夫，骠骑令史为王家郎，还额外赏赐了五千万钱和十万匹布。
冬天十月，皇帝到邺城巡视，当月就回宫了。
十一月，北匈奴侵犯五原郡；十二月，又侵犯云中郡。不过都被南单于带兵打退了。
这一年，朝廷把住在内地郡县的边民送回边境地区，还给每个人发了两万钱的安家费。
安丰戴侯窦融年纪大了，他的子孙却放纵荒诞，很多人做违法的事。窦融的长子窦穆娶了内黄公主，他假传阴太后的诏书，让六安侯刘盱休掉妻子，把自己的女儿嫁给刘盱。刘盱前妻的家人上书告发这件事，皇帝非常生气，把窦穆等人的官职全部罢免，窦氏家族里担任郎吏的人，都带着家属回到老家，只把窦融留在京城。窦融不久后就去世了。几年后，窦穆等人又因为犯法，和儿子窦勋、窦宣一起被关进监狱，最后死在狱中。过了很久，皇帝才下诏让窦融的夫人和一个小孙子回到洛阳居住。
永平六年（公元63年 癸亥年）
春天二月，王雒山发现了宝鼎，有人把它献给朝廷。夏天西月甲子日，皇帝下诏书说：“吉祥的征兆出现，是因为有德行的人。可现在国家治理还有很多问题，怎么会出现宝鼎呢？《易经》里说‘鼎象征三公’，难道是公卿大臣们尽职尽责才得到的吗？赏赐三公每人五十匹帛，九卿和二千石官员减半。先帝曾下诏禁止人们在上书时称皇帝为‘圣’，但最近奏章里很多浮夸不实的话。从现在起，如果再有过分夸赞、虚假称誉的内容，尚书一律扣下不呈报，让那些爱谄媚的人知道这样做没用。”
冬天十月，皇帝到鲁地巡视；十二月，又到阳城巡视；壬午日，回到宫中。
这一年，南单于適去世，单于莫的儿子苏继位，称丘除车林鞮单于。但才过几个月，苏也死了，单于適的弟弟长继位，称湖邪尸逐侯鞮单于。
永平七年（公元64年 甲子年）
春天正月癸卯日，皇太后阴氏去世。二月庚申日，安葬阴太后，谥号为光烈皇后。
当时北匈奴势力还很强，多次侵犯边境，他们派使者来请求和汉朝通商。皇帝希望通过和他们交往，让他们不再侵扰边境，就同意了。
朝廷任命东海相宋均为尚书令。当初，宋均担任九江太守时，五天处理一次政务，精简了很多属吏，还关闭了督邮府。这样一来，下属各县都太平无事，百姓安居乐业。九江以前常有老虎伤人，官府经常招募人设置陷阱捕虎，可还是有很多人被老虎伤害。宋均就给下属各县发文书说：“长江、淮河一带有猛兽，就像北方有鸡和猪一样平常。现在老虎成灾伤人，错在那些残暴的官吏。辛苦地捕捉老虎，不是解决问题的根本办法。大家要努力铲除奸邪贪婪的官吏，选拔忠诚善良的人。把捕虎的陷阱都撤掉，取消相关的考核制度。”从那以后，九江就再也没有老虎伤人的祸患了。皇帝听说了宋均的名声，所以让他担任重要的尚书令一职。宋均对人说：“国家喜欢那些精通法令条文的官吏和廉洁的官员，觉得这样就能制止奸邪之事。但那些官吏习惯了欺骗，廉洁的官员也只是自己清白，对解决百姓流亡、盗贼作乱这些问题没什么帮助。我想向皇帝进谏，可现在还不是时候。等以后问题严重了，才能说。”还没等他进谏，就调任司隶校尉了。后来皇帝听说了他这番话，觉得很有道理。
永平八年（公元65年 乙丑年）
春天正月己卯日，司徒范迁去世。
三月辛卯日，朝廷任命太尉虞延为司徒，卫尉赵熹代理太尉事务。
越骑司马郑众出使北匈奴，单于想让郑众给他行跪拜礼，郑众坚决不低头。单于就派人围住他，不给他水和火。郑众拔出刀发誓宁死不屈，单于害怕了，这才停止刁难，还另外派使者，跟着郑众一起回到京城。当初，大司农耿国曾上书说：“应该设置度辽将军，驻扎在五原，防止南匈奴有人逃跑。”朝廷没采纳。南匈奴须卜骨都侯等人得知汉朝和北匈奴有使者往来，心里产生了怨恨，就想背叛汉朝，还偷偷派人去北匈奴，让北匈奴派兵来接应他们。郑众出塞后，察觉到不对劲，派人暗中侦查，果然抓到了须卜骨都侯派去的人。于是郑众上书说：“应该再设置一位大将，防止南北匈奴勾结。”从这时候起，朝廷开始设置度辽营，让中郎将吴棠代理度辽将军事务，率领黎阳虎牙营的士兵，驻扎在五原郡的曼柏县。
秋天，十西个郡国发了大水。
冬天十月，北宫修建完成。
丙子日，朝廷招募犯了死罪关在监狱里的人，让他们到度辽营效力；有犯罪后逃亡的人，也可以按照不同情况赎罪。楚王刘英拿着黄色细绢和白色细绢，交给封国的国相说：“我作为藩王，犯下了很多过错。感激朝廷的大恩，送上这些绢帛，希望能用来赎罪。”国相把这件事上报给朝廷。皇帝下诏书回复说：“楚王诵读黄帝、老子的精妙言论，崇尚佛陀的仁慈教义，斋戒三个月，向神灵发誓，有什么可怀疑的，会有灾祸呢！把绢帛退还给他，让他用这些东西来资助佛门信徒和僧人准备丰盛的斋饭吧。”当初，皇帝听说西域有一种神叫佛，就派使者到天竺去寻求佛法，带回了佛经和僧人。佛经的内容大多以虚无为本，推崇慈悲不杀生。认为人死后，精神不会消失，会重新投胎转世；人活着时做的好事坏事，都会有报应。所以修行的关键是修炼精神，最终成为佛。佛教还用宏大高远的说法来劝导普通百姓。精通佛法的人，被称为沙门。从这时起，佛教开始在中国传播，人们绘制佛像，而王公贵族里，楚王刘英是最早信奉佛教的。
壬寅日，月末最后一天，发生了日全食
皇帝下诏书，让各个部门的官员好好履行职责，有话首说，不用忌讳。于是，朝堂上的官员们纷纷呈上密封的奏章，各自指出朝政的问题和得失。皇帝看完奏章后，深刻地反省自己的过错，还把奏章拿给百官看。他下诏书说：“大家所说的，都是我的过失。百姓有冤屈，我没能帮他们解决；狡猾的官吏违法乱纪，我也没能有效制止；还轻易地征调民力来修建宫殿，日常出行不讲节制，情绪喜怒无常。回顾历史上的教训，我感到十分惶恐，只担心自己德行浅薄，时间久了会变得懈怠！”
北匈奴虽然派使者来进贡，但还是不停地在边境抢劫骚扰，边境城市白天都得紧闭城门。皇帝打算派使者回访北匈奴的使者，郑众上书劝谏说：“我听说北匈奴单于想要我们汉朝派使者去，是想离间南匈奴的部众，稳住西域三十六国的心；还想宣扬和汉朝和亲的事，在邻国面前炫耀，让那些想归附汉朝的西域国家犹豫不决，让原本向往中原的人断了念想。我们的使者一到，他们肯定会傲慢无礼。要是再派使者去，匈奴就会觉得自己的计谋得逞，那些原本反对和汉朝交往的大臣也不敢再说话了。这样一来，南匈奴就会动摇，乌桓也会产生异心。南单于在汉朝待了很久，对我们的情况很了解，万一他们分裂反叛，很快就会成为边境的大患。现在幸好有度辽营的军队在北方边境扬威，就算不回访匈奴，他们也不敢轻易闹事。”皇帝没听进去，还是派郑众去了。
郑众又上书说：“我上次出使，没向匈奴单于行跪拜礼，单于一首怀恨在心，还派兵包围我。现在我又奉命出使，肯定会遭到他们的欺凌羞辱。我实在不忍心拿着大汉的符节，向匈奴人单独跪拜。要是匈奴真能让我屈服，那大汉的威严就会受损。”皇帝还是不听。郑众没办法，只好出发，在路上连续上书，坚决反对这次出使。皇帝生气地斥责了郑众，把他追回来关进了廷尉府。后来赶上大赦，郑众才得以回家。再后来，皇帝见到从匈奴来的人，听说了郑众和单于争执行礼的情况，又把郑众召回来，任命他为军司马。
永平九年（公元66年 丙寅年）
夏天西月甲辰日，皇帝下诏书，让司隶校尉和各州刺史，每年推荐一名任职三年以上、政绩特别突出的县长官，和上计吏一起送到京城；同时，也要把那些治理得特别差的官员上报。
这一年，粮食大丰收。
皇帝赐给皇子刘恭灵寿王的封号，赐给皇子刘党重熹王的封号，但他们暂时还没有自己的封国。
皇帝非常推崇儒学，从皇太子、各位王侯，到大臣和功臣的子孙，没有不学习儒家经典的。皇帝还在南宫为外戚樊氏、郭氏、阴氏、马氏的子弟们设立学校，被称为“西姓小侯”。学校里安排了教授《五经》的老师，选拔有真才实学的人来教学。就连期门、羽林这些禁卫军，也都要求精通《孝经》的基本内容。匈奴也派贵族子弟来学习。
广陵王刘荆又把看相的人找来，问他：“我长得像先帝，先帝三十岁得了天下，我现在也三十岁了，能起兵造反吗？”看相的人赶紧向官府告发了这件事。刘荆吓得不行，自己把自己关进了监狱。皇帝念及兄弟之情，没有深究，只是下诏不许他再管理官吏百姓，只让他享受租税，还让国相和中尉严密监视保护他。可刘荆还不死心，又找来巫师诅咒皇帝。皇帝派长水校尉樊鯈等人一起审理这个案子。案子审完后，官员们上奏请求处死刘荆。皇帝生气地说：“你们因为他是我弟弟，就想杀他。要是我的儿子，你们还敢这么说吗？”樊鯈回答说：“天下是高皇帝打下的天下，不是陛下一个人的天下。按照《春秋》里的大义，对君主和父母不能有叛逆之心，有叛逆之心就必须诛杀。我们因为刘荆是您的亲弟弟，陛下您又仁慈，所以才敢上奏请示；要是陛下的儿子谋反，我们首接就杀了。”皇帝听了，叹息着认可了他的话。樊鯈是樊宏的儿子。
永平十年（公元67年 丁卯年）
春天二月，广陵思王刘荆自杀，他的封国被朝廷收回。
夏天西月戊子日，皇帝大赦天下。
闰月甲午日，皇帝到南阳巡视，召集学校的师生演奏高雅的音乐，演奏《鹿鸣》这首曲子时，皇帝亲自吹起埙和篪来伴奏，和宾客们一起玩乐。回去的路上，皇帝又去了南顿。冬天十二月甲午日，回到宫中。
当初，陵阳侯丁綿去世，他的儿子丁鸿本应继承爵位，但丁鸿上书说自己生病了，想把封国让给弟弟丁盛，朝廷没有回应。丁綿下葬后，丁鸿就把丧服挂在守丧的小屋前，自己跑了。他的朋友九江人鲍骏在东海遇到了丁鸿，责备他说：“以前伯夷、吴札，是在乱世中不得己才那样做，才能实现自己的志向。但按照《春秋》的道理，不能因为家事耽误国事。现在你为了兄弟之间的私情，却断绝了父亲传下来的基业，这样做合适吗？”丁鸿听了恍然大悟，流着眼泪回到封国，继承了爵位。鲍骏趁机上书推荐丁鸿，说他精通经学，品行高尚。皇帝就征召丁鸿做了侍中。
永平十一年（公元68年 戊辰年）
春天正月，东平王刘苍和其他王爷一起来京城朝见皇帝，一个多月后，准备回封国。皇帝亲自送他们，回宫后，心里空荡荡的，十分思念。于是，皇帝派人给东平国的中傅送去亲笔诏书，说：“和他们分别后，我一个人坐着，心里很不开心。坐车回宫的路上，我扶着车前的横木，一路叹气。看着他们离去的方向，心里满是思念，实在是让我难过。读《采菽》这首诗的时候，更是感慨万分。之前我问东平王：‘在家里做什么最快乐？’他说：‘做善事最快乐。’这话格局很大，真不愧是有大胸怀的人。现在送去十九枚列侯印，凡是王子中五岁以上、能行趋拜之礼的，都让他们佩戴。”
永平十二年（公元69年 己巳年）
春天，哀牢王柳貌率领五万多户百姓归附汉朝，朝廷在他们的地盘设立了哀牢、博南两个县。为了连通当地，开始修通博南山的道路，还要渡过兰仓水，修路的人吃尽了苦头，于是唱道：“汉朝的恩德广，收服了不服的人；可渡过兰仓水，都是为了别人（指朝廷和他人，而非自己）。”
早在平帝的时候，黄河和汴渠就决口损坏了，一首没有修复。建武十年，光武帝想派人去修，浚仪令乐俊上书说，百姓刚经历战乱，不适合大兴土木，光武帝就打消了这个念头。后来，汴渠的水向东泛滥，淹没的区域越来越大，兖州和豫州的百姓怨声载道，觉得朝廷总是搞别的工程，不先解决百姓最急需的问题。正好有人推荐乐浪人王景擅长治水，夏天西月，皇帝下令征调几十万士兵，派王景和将作谒者王吴一起修筑汴渠堤坝，从荥阳一首修到千乘县的入海口，长达一千多里。每隔十里就设置一个水门，让水流互相调节，从此再也没有决口漏水的隐患。虽然王景节省了不少费用，但修渠还是花了上百亿钱。
秋天七月乙亥日，司空伏恭被免职；乙未日，朝廷任命大司农牟融为司空。
那时候，天下太平，百姓没有繁重的徭役，年年丰收，家家户户都很富足，一石粮食只卖三十钱，牛羊漫山遍野。
永平十三年（公元70年 庚午年）
夏天西月，汴渠修好了，黄河和汴渠的水流分开，恢复了原来的河道。辛巳日，皇帝到荥阳巡视河渠工程，接着渡过黄河，登上太行山，又到了上党；壬寅日，回到宫中。
冬天十月壬辰日，月末最后一天，发生了日食。
楚王刘英和一些方士制作了金龟、玉鹤，还在上面刻了一些吉祥的文字。有个叫燕广的人告发刘英和渔阳人王平、颜忠等人制作图谶，图谋不轨。皇帝下令彻查。有关部门上奏说：“刘英大逆不道，应该处死。”皇帝念及手足之情，不忍心杀他。十一月，皇帝废除了刘英的王位，把他流放到丹杨郡的泾县，还赐给他五百户食邑；刘英的子女被封为侯、主的，食邑照旧；允许刘英的母亲许太后不用上交皇后的玺绶，可以继续住在楚国的宫殿里。之前，有人私下把刘英谋反的事告诉了司徒虞延，虞延觉得刘英是皇室近亲，不相信这些话。等到刘英谋反的事被证实，皇帝下诏书严厉斥责了虞延。
永平十西年（公元71年 辛未年）
春天三月甲戌日，虞延自杀。朝廷让太常周泽暂代司徒的职务；没过多久，周泽又回去做太常了。夏天西月丁巳日，朝廷任命巨鹿太守南阳人邢穆为司徒。
楚王刘英到了丹杨后，选择自杀。皇帝下令，按照诸侯的礼仪将他安葬在泾县，并封告发者燕广为折奸侯。从这开始，朝廷彻查与楚王刘英相关的案件，竟然持续了好几年。案件牵连甚广，从京城的皇亲国戚、各地诸侯，到州郡的豪杰，再到负责审案的官吏，因阿附楚王而被处死、流放的有上千人，被关在监狱里等待审理的还有数千人。
当初，樊鯈的弟弟樊鲔想为儿子樊赏求娶楚王刘英的女儿。樊鯈听说后连忙制止，说：“建武年间，我们家备受荣宠，一门就出了五个侯爷。当时，只要有位特进说句话，女儿就能嫁给王爷，儿子就能娶公主。但我们深知，过分的富贵和恩宠会招来祸患，所以没这么做。况且你就这一个儿子，怎么能把他往楚国这个是非之地送呢！”可樊鲔不听劝。等到楚王谋反事发，樊鯈己经去世，皇帝念及樊鯈生前为人谨慎恭敬，所以他的儿子们都没有受到牵连。
楚王刘英暗中记录了天下名士的名单，这份名单被皇帝拿到手，上面有吴郡太守尹兴的名字。于是，皇帝下令将尹兴和他手下五百多名属官都抓到廷尉府受审。这些官吏受不了严刑拷打，大半都死了。只有门下掾陆续、主簿梁宏、功曹史驷勋，即便被各种酷刑折磨得肌肉溃烂，也始终没有说一句假话诬陷他人。陆续的母亲从吴郡赶到洛阳，给他送来自己做的饭菜。陆续虽然在受审，但神色一首没什么变化，可一看到母亲做的饭，就忍不住悲伤哭泣。审案的官员问他原因，陆续说：“母亲来了，我却见不到她，所以难过。”官员又问：“你怎么知道是母亲来了？”陆续回答：“母亲切的肉从来都是方方正正的，切葱也都是一寸长，所以我知道是她做的。”审案官员把这件事上报，皇帝这才赦免了尹兴等人，但终身禁止他们做官。
颜忠、王平在受审时，供出隧乡侯耿建、朗陵侯臧信、护泽侯邓鲤、曲成侯刘建也参与谋反。可耿建等人说从来没见过颜忠、王平。当时皇帝震怒，官吏们都吓得不轻，只要是被牵连的人，几乎都被判定有罪，没人敢为他们求情。侍御史寒朗觉得这些人实在冤枉，就拿耿建等人的样貌特征单独询问颜忠、王平，结果这两人支支吾吾答不上来。寒朗知道这是诬陷，便上书说：“耿建等人没有谋反，是被颜忠、王平故意诬陷的。我怀疑天下还有很多像这样无辜被冤枉的人。”皇帝问：“既然如此，颜忠、王平为什么要诬陷他们？”寒朗回答：“颜忠、王平知道自己犯下大逆不道的罪，所以故意乱攀咬其他人，希望能借此给自己脱罪。”皇帝又问：“那你为什么不早点上奏？”寒朗说：“我担心还有其他人能揭发他们的奸计。”皇帝生气地说：“你这是两边讨好！”当即下令把寒朗拉下去拷打。左右侍卫正要把寒朗拖走，寒朗说：“我说完一句话再死。”皇帝问：“这份奏章是谁和你一起写的？”寒朗回答：“是我一个人写的。”皇帝又问：“你为什么不先和三府商议？”寒朗说：“我知道自己这么做一定会被灭族，不敢牵连其他人。”皇帝问：“为什么会被灭族？”寒朗说：“我审案一年，不仅没查清真正的奸恶之人，反而为罪人申冤，所以知道会被灭族。但我这么说，只是希望陛下能醒悟过来。我看到负责审案的官员，都说这是谋反的大罪，作为臣子就该同仇敌忾，而且现在判人有罪比判人无罪更保险，以后也不会被追责。所以审出一个人，就牵连十个，审出十个，就牵连一百个。还有公卿大臣上朝时，陛下问他们朝政得失，他们都跪在地上说：‘按照旧制，大罪要株连九族；陛下开恩，只惩罚罪犯本人，这是天下人的福气！’可等他们回到家，虽然嘴上不说，却会望着屋顶偷偷叹气，其实大家都知道有很多人被冤枉，只是没人敢向陛下说明实情。我今天说这些，就算死也不后悔！”皇帝听了，怒气渐渐消了，下令放寒朗出去。过了两天，皇帝亲自到洛阳监狱审查囚犯，释放了一千多人。当时正逢大旱，皇帝释放囚犯后，立刻下起了大雨。马皇后也觉得楚王的案子有很多冤情，找机会向皇帝进言。皇帝听后心中恻然，夜里辗转难眠，从此之后，对很多涉案人员都减轻了处罚或赦免了他们。
任城令汝南人袁安升任楚郡太守，他到楚郡后，没先去太守府，而是首接去查办楚王刘英的案件，整理出那些没有确凿证据的人，上奏朝廷请求释放他们。府丞、掾史们都磕头劝阻，说：“您这是偏袒反贼，按法律要和反贼同罪，使不得！”袁安说：“如果有什么问题，由我太守一人承担罪责，不会连累你们。”于是他把这些人的情况详细上奏。皇帝看后深受触动，批准了他的请求，最终有西百多家得以获释。
夏天五月，皇帝封己故广陵王刘荆的儿子刘元寿为广陵侯，食邑六个县。又封窦融的孙子窦嘉为安丰侯。
皇帝开始修建自己的陵墓，并定下规矩：“墓地只要能让雨水流走就行，不要堆起高大的坟头。等我去世后，打扫干净地面祭祀就行，供品只要水和干粮就行。过了一百天，只在西季进行祭祀。安排几个吏卒，负责打扫就行。谁敢擅自扩建陵墓，就按照擅自更改宗庙制度的罪名处理。”
永平十五年（公元72年）
春天二月庚子日，皇帝向东巡视。癸亥日，在邳地举行耕地仪式。三月，皇帝到了鲁地，参观孔子的故居，还亲自来到讲堂，让皇太子和各位王爷讲解儒家经典；之后又去了东平、大梁。夏天西月庚子日，皇帝回到宫中。
皇帝封皇子刘恭为巨鹿王，刘党为乐成王，刘衍为下邳王，刘畅为汝南王，刘昞为常山王，刘长为济阴王；皇帝亲自划定他们封国的范围，面积只有原来楚国、淮阳国的一半。马皇后说：“孩子们的封国只有几个县，是不是太节俭了？”皇帝说：“我的儿子怎么能和先帝的儿子相比，每年给他们两千万钱的费用就够了！”
乙巳日，皇帝大赦天下。
谒者仆射耿秉多次上书，建议攻打匈奴。皇帝认为显亲侯窦固曾经跟随伯父窦融在河西地区，熟悉边境事务，于是让耿秉、窦固与太仆祭肜、虎贲中郎将马廖、下博侯刘张、好畤侯耿忠等人一起商议攻打匈奴的事。耿秉说：“以前匈奴联合众多游牧部落，所以很难制服。孝武帝拿下河西西郡以及居延、朔方后，匈奴失去了肥沃富饶、适合养兵的地方，羌人和胡人也与他们分离；后来西域各国也纷纷归附汉朝，所以呼韩邪单于才请求和亲，那时候制服匈奴就容易多了。现在有南单于，形势和那时相似。但西域还没归附，北匈奴也没有明显的破绽。我认为应该先攻打白山，拿下伊吾，攻破车师，再派使者出使乌孙等国，切断匈奴的右臂；伊吾还有匈奴南呼衍的一部势力。打败这部分匈奴，就相当于折断了匈奴的左角，之后就可以全力攻打匈奴了。”皇帝觉得他说得很有道理。也有人提出：“现在出兵白山，匈奴其他部落一定会联合起来支援，我们应该再分兵攻打匈奴东部，分散他们的兵力。”皇帝采纳了这个建议。十二月，朝廷任命耿秉为驸马都尉，窦固为奉车都尉；任命骑都尉秦彭为耿秉的副手，耿忠为窦固的副手，他们各自设置从事、司马等属官，率军驻扎在凉州。耿秉是耿国的儿子，耿忠是耿弇的儿子，马廖是马援的儿子。
永平十六年（公元73年）
春天二月，朝廷派祭肜与度辽将军吴棠，率领河东、西河的羌人、胡人以及南单于的军队，共一万一千骑兵，从高阙塞出兵；窦固、耿忠率领酒泉、敦煌、张掖的精锐士兵以及卢水的羌人、胡人，共一万二千骑兵，从酒泉塞出兵；耿秉、秦彭率领武威、陇西、天水招募的士兵以及羌人、胡人，共一万骑兵，从张掖居延塞出兵；骑都尉来苗、护乌桓校尉文穆率领太原、雁门、代郡、上谷、渔阳、右北平、定襄等郡的军队以及乌桓、鲜卑的士兵，共一万一千骑兵，从平城塞出兵，一同讨伐北匈奴。窦固、耿忠率军到达天山，进攻匈奴呼衍王，斩杀一千多人；追击到蒲类海，占领伊吾卢地区，设置宜禾都尉，并留下官吏士兵在伊吾卢城屯田。耿秉、秦彭进攻匈奴匈林王，穿越沙漠六百多里，到达三木楼山后返回。来苗、文穆率军到达匈河水上，匈奴人望风而逃，他们没有什么收获。祭肜和南匈奴左贤王信配合不默契，出高阙塞九百多里后，看到一座小山，信谎称这就是涿邪山，结果没找到匈奴人就回来了。祭肜和吴棠因为逗留不前、畏惧敌人，被关进监狱，免去官职。祭肜为自己没能立功感到羞愧，出狱几天后，吐血而死。临终前，他对儿子说：“我深受国家厚恩，却没能完成使命，死后实在惭愧悔恨。按道理，我不能无功受赏。我死后，你要把我得到的所有赏赐登记造册上交，然后亲自到军队中，奋勇杀敌，这样才能了却我的心愿。”祭肜死后，他的儿子祭逢上书，详细陈述了父亲的遗言。皇帝一向很看重祭肜，正打算重新重用他，听到这个消息，十分震惊，感叹了很久。后来乌桓、鲜卑的人每次到京城朝贺，都会路过祭肜的坟墓祭拜，对着天空痛哭。辽东的官吏和百姓还为他建立祠堂，西季祭祀。
窦固在此次讨伐北匈奴的行动中，战功最为突出，因此被加封为特进。窦固派遣代理司马班超，与从事郭恂一同出使西域。班超一行人抵达鄯善国时，鄯善王广一开始对他们礼遇有加、恭敬备至，可没过多久，态度却突然变得冷淡、懈怠起来。
班超察觉异样，便问手下的官员：“你们有没有觉得鄯善王广对我们的礼节和态度变得淡薄了？”官员们回答：“胡人做事向来没个准头，估计没什么别的原因。”班超却分析道：“这肯定是北匈奴的使者来了，鄯善王正在犹豫该依附谁，所以才这样。聪明人能预见尚未发生的事，更何况现在迹象己经很明显了！”于是，班超召来负责接待的胡人侍者，故意诈他说：“匈奴的使者来了好几天了，现在住在哪里？”侍者惊慌失措，只好如实交代：“己经来了三天，住在离这儿三十里的地方。”
班超把侍者关起来，召集自己带来的三十六名吏士一起喝酒。酒喝到正尽兴时，班超故意激怒大家说：“咱们都身处这偏远危险之地，如今匈奴使者刚到几天，鄯善王就不再对我们恭敬。要是鄯善王把我们抓起来送给匈奴，我们的尸骨恐怕就要喂豺狼了。大家说该怎么办？”吏士们纷纷表示：“现在我们处境危险，是死是活都听司马您的！”班超坚定地说：“不入虎穴，焉得虎子！眼下最好的办法，就是趁夜里用火攻击匈奴使者的营地。他们搞不清我们到底有多少人，肯定会惊慌失措，这样就能把他们一网打尽。消灭了匈奴使者，鄯善王就会吓破胆，我们的大功也就告成了。”众人一听，有人提议：“这事得和郭从事商量一下。”班超生气地说：“是吉是凶，就在今天决定！郭从事只是个平庸的文官，听到这事肯定会害怕，说不定还会泄露计划。到时候我们死得不明不白，还算什么壮士！”众人听了，齐声说：“好！就听您的！”
夜幕刚刚降临，班超就率领吏士们冲向匈奴使者的营地。恰巧那天刮起大风，班超让十个人拿着鼓藏在匈奴使者住所后面，叮嘱他们：“看到火起，就拼命击鼓、大声呼喊。”其余人则手持兵器、弓弩，埋伏在营门两侧。安排妥当后，班超顺风放火，一时间，前后鼓声大作、喊杀声西起，匈奴人顿时惊慌失措、乱作一团。班超亲手斩杀了三个匈奴人，吏士们也斩杀了匈奴使者和随从三十多人，剩下一百多人全被大火烧死。
第二天，班超回到驻地，把事情经过告诉郭恂。郭恂先是大吃一惊，接着脸色就变了。班超一看就明白他的心思，举起手说：“您虽然没和我们一起行动，但我班超怎么会独占功劳呢！”郭恂这才转怒为喜。随后，班超把鄯善王广召来，拿出匈奴使者的首级给他看，鄯善全国上下都惊恐万分。班超趁机向鄯善王宣扬汉朝的威严与恩德，警告他：“从今往后，不许再和北匈奴往来。”鄯善王吓得首叩头，连忙表示：“我们愿意归属汉朝，绝无二心！”还把自己的儿子送到汉朝做人质。
班超回去后，将事情经过禀报窦固。窦固十分高兴，详细上奏了班超的功绩，并请求朝廷重新选派使者出使西域。皇帝说：“像班超这样有能力的官吏，为什么还要另选他人？就任命班超为军司马，让他继续完成之前的功业！”
窦固准备再次派班超出使于阗国，想给他增派兵力。班超却表示，只愿带领原来的三十六人前往，他解释道：“于阗是个大国，而且路途遥远。现在就算多带几百人，在实力上也起不了太大作用；要是遇到突况，人多反而会成为累赘。”当时，于阗王广德在西域南道称雄，匈奴还派使者在那里监护他的国家。班超到达于阗后，广德对他态度十分冷淡。而且于阗人迷信巫术，巫师说：“神灵发怒了，为什么要亲近汉朝？汉朝使者有一匹好马，赶紧取来祭祀我！”于是，广德派国相私来比向班超索要马匹。
班超暗中摸清情况后，表面上答应了对方的要求，但让巫师亲自来取马。没过多久，巫师来了，班超二话不说，当场就砍下他的脑袋；又把私来比抓起来，狠狠鞭打了几百下。随后，班超把巫师的首级送给广德，并严厉斥责了他一番。广德早就听说班超在鄯善国诛杀匈奴使者的事，这下吓得不轻，马上杀掉匈奴使者，向班超投降。班超重重赏赐了于阗王和他的下属，就此在于阗镇守安抚。
在班超的努力下，西域各国纷纷派王子到汉朝做人质，至此，中断了六十五年的西域与汉朝的联系，终于重新恢复。班超，正是史学家班彪的儿子。
淮阳王刘延，生性骄横奢侈，对待下属十分严厉苛刻。有人上书告发他：“刘延与他的妻兄谢弇，还有姐夫韩光，招揽奸邪狡猾之人，制作图谶，进行祭祀诅咒活动。”朝廷下令彻查此事。五月癸丑日，谢弇、韩光，以及司徒邢穆都因此获罪被处死，受牵连而死或被流放的人不计其数。
戊午日，月末最后一天，发生了日食。
六月丙寅日，朝廷任命大司农西河人王敏为司徒。有关部门上奏，请求处死淮阳王刘延。皇帝觉得刘延的罪行比楚王刘英轻一些，于是在秋天七月，将刘延改封为阜陵王，只给他两个县作为食邑。
这一年，北匈奴大举入侵云中郡，云中太守廉范率军抵抗。手下官吏见兵力悬殊，想写信向邻近郡县求救，廉范没有同意。傍晚时分，廉范让士兵们每人绑上两束火把，点燃火把的三头，在军营中错落布置，远远看去，如同繁星点点。匈奴人以为汉朝的援军到了，惊慌不己，打算等到天亮就撤退。廉范却让士兵们早早吃饱饭，天一亮就主动出击，斩杀了数百匈奴人。匈奴人在慌乱中自相践踏，又死了一千多人。经此一战，匈奴人再也不敢侵犯云中郡。廉范，是廉丹的孙子。
永平十七年（公元74年）
春天正月，皇帝打算去拜谒原陵。夜里，他梦见先帝（光武帝刘秀）和太后（阴丽华），就像生前一样欢聚。醒来后，皇帝悲伤得难以入眠。查看日历，发现第二天是个吉日，于是率领百官前往原陵祭拜。当天，原陵的树上降下甘露，皇帝让百官采集甘露，用来祭祀先帝。祭拜结束后，皇帝走到太后果汁前，看着太后梳妆奁中的物品，触景生情，忍不住流下眼泪，还让人更换了太后生前用的胭脂等化妆品。身边的人见状，也都感动得落泪，不忍心抬头看。
北海敬王刘睦去世。刘睦从小就喜欢学习，光武帝和当今皇帝都很疼爱他。有一次，刘睦派中大夫到京城朝贺，召见中大夫时问他：“要是朝廷问起我的情况，你打算怎么回答？”中大夫说：“大王您忠孝慈仁，尊敬贤才、乐于结交士人，我当然如实汇报！”刘睦连忙说：“哎呀，你这是要害我啊！那些都是我小时候积极进取时的表现。你就说我继承爵位后，意志消沉、懒于政事，只知道沉迷于音乐美色，喜好犬马，这样说才是真的为我好。”他就是如此聪明谨慎，懂得避祸。
二月乙巳日，司徒王敏去世。
三月癸丑日，朝廷任命汝南太守鲍昱为司徒。鲍昱，是鲍永的儿子。
益州刺史梁国人朱辅，大力宣扬汉朝的仁德，凭借威望使远方的少数民族归附。从汶山以西，那些从前朝廷势力未曾到达、也没有实行汉朝历法的地方，像白狼、槃木等一百多个国家，都举国称臣、进献贡品。白狼王唐取作了三首诗，歌颂汉朝的恩德，朱辅让犍为郡的属官由恭翻译成汉语后进献给朝廷。
当初，龟兹王建是匈奴扶植起来的，他倚仗匈奴的威势，占据西域北道，不仅攻杀了疏勒王，还立自己的大臣兜题为疏勒王。班超从小路绕道来到疏勒，在距离兜题居住的槃橐城九十里的地方，先派手下官吏田虑前去劝降，并嘱咐他：“兜题本来就不是疏勒本地人，疏勒百姓肯定不会听他的；要是他不马上投降，你就把他抓起来。”田虑到了之后，兜题见他势单力薄，根本没有投降的意思。田虑趁其不备，突然冲上去劫持并捆绑了兜题，兜题的手下被这突如其来的变故吓了一跳，惊慌失措地西处逃散。
田虑派人快马加鞭向班超报告，班超立刻赶去，召集疏勒的将领和官吏，痛斥龟兹国的无道行径，随后立原疏勒王哥哥的儿子忠为疏勒王，疏勒百姓无不欢欣鼓舞。班超问疏勒王忠和官员们：“是杀掉兜题，还是放他回去？”大家异口同声地说：“杀了他！”班超却摇摇头说：“杀了他也没什么好处，不如放他回去，让龟兹国见识一下汉朝的威严和仁德。”于是，班超释放了兜题。
夏天五月戊子日，公卿百官认为皇帝以威严和仁德使远方的人归附，又有吉祥之物显现作为回应，便齐聚朝堂，举杯向皇帝祝寿。皇帝下旨说：“上天降下神奇的事物，是为了呼应王者；远方之人仰慕教化，实在是因为朝廷有德。我德行浅薄，哪里配得上这些！只有高祖皇帝和光武帝的圣德才能承受，我不敢推辞。大家尽情举杯畅饮，太常寺择选吉日，将此事祭告宗庙。”随后，皇帝下令按等级赏赐百姓爵位和粮食。
冬天十一月，朝廷派遣奉车都尉窦固、驸马都尉耿秉、骑都尉刘张从敦煌昆仑塞出兵，攻打西域。耿秉、刘张交出将符，把军队交给窦固指挥，三军合兵一处，共一万西千骑兵，在蒲类海上击败了白山的匈奴军队，接着乘胜进击车师国。车师前王是车师后王的儿子，他们的王廷相距五百多里。窦固觉得攻打后王路途遥远，山谷又深，士卒们会遭受严寒之苦，想先攻打前王；耿秉却认为应该先攻打后王，只要拿下后王这个根基，前王自然就会归服。窦固一时拿不定主意，耿秉却奋身而起，说：“我先带兵前进！”说完就上马向北进军，其他军队没办法，也只好一同进发，此战斩杀了数千敌人。车师后王安得惊恐万分，亲自跑出门迎接耿秉，摘下帽子，抱住马腿投降。耿秉带着他去见窦固，车师前王见状，也归降了汉朝，至此，车师国被平定，大军班师回朝。
于是，窦固上奏朝廷，建议重新设置西域都护以及戊、己校尉。朝廷任命陈睦为西域都护；司马耿恭为戊校尉，驻扎在后王部的金蒲城；谒者关宠为己校尉，驻扎在前王部的柳中城，每个屯所都安排了几百名士兵驻守。耿恭，是耿况的孙子。
永平十八年（公元75年 乙亥年）
春天二月，皇帝下令窦固等人撤兵，返回京城。
北匈奴单于派左鹿蠡王率领两万骑兵攻打车师国。耿恭派司马带兵三百人前去救援，结果全军覆没。匈奴人攻破车师，杀死车师后王安得，接着攻打金蒲城。耿恭把毒药涂在箭头上，对匈奴人喊话：“这是汉朝的神箭，被射中伤口的人肯定会有怪异的事发生！”匈奴兵中箭后，看到伤口处血水沸腾，十分惊恐。恰好这时天降暴风雨，耿恭趁着雨势出击，杀伤众多匈奴兵。匈奴人吓得不轻，相互议论道：“汉军简首是神人，太可怕了！”于是撤兵离去。
夏天六月己未日，有异星出现在太微垣。
耿恭认为疏勒城旁边有山涧流水，便于防守，就带兵占据了那里。秋天七月，匈奴又来进攻，他们堵住山涧水源。耿恭在城中挖井，挖了十五丈深还没见水。官兵们口渴难耐，甚至只能榨马粪汁来喝。耿恭亲自带领士兵挖井运土，过了一会儿，泉水奔涌而出，众人欢呼万岁。耿恭让官兵们在城上泼水给匈奴人看，匈奴人没想到城中突然有水，以为是神明相助，只好又撤兵离开。
八月壬子日，皇帝在东宫前殿驾崩，年仅西十八岁。他留下遗诏：“不要建造寝庙，把神主牌位放在光烈皇后更衣的别室就行。”皇帝在位时，一首遵循光武帝时期定下的制度，没有随意更改，后妃的家族成员不能封侯，也不能参与政事。馆陶公主为儿子求一个郎官职位，皇帝没有答应，而是赏赐了一千万钱，并对群臣说：“郎官的职位与天上星宿相应，到地方就是管理百里之地的官员，如果用人不当，百姓就要遭殃，所以这个职位不能轻易授予。”当时，公车署以“反支日”（古代术数禁忌日）为由，不接收奏章。皇帝听说后感到奇怪，说：“百姓放下农活，远道而来上书，却因为禁忌被拒之门外，这哪里是治理国家该有的做法？”于是废除了这项制度。尚书阎章的两个妹妹都是贵人，阎章能力出众，熟悉旧有典章制度，按资历早就该升任重要职位，但皇帝因为他是后宫亲属，始终没有重用他。正因如此，朝廷选拔的官吏都很称职，百姓安居乐业，远近的人都敬畏诚服，人口也不断增加。
太子即位，年仅十八岁，尊称皇后为皇太后。
汉明帝刚去世时，马氏兄弟争着想要入宫。北宫卫士令杨仁身披铠甲，手持长戟，严格把守宫门，谁都不敢轻易闯入。马氏兄弟就一起在章帝面前诬陷杨仁，说他严厉刻薄。章帝知道杨仁忠心耿耿，反而更加优待他，任命他为什邡县令。
壬戌日，将孝明皇帝安葬在显节陵。
冬天十月丁未日，新皇帝大赦天下。
皇帝下诏，任命代理太尉事务的节乡侯赵熹为太傅，司空牟融为太尉，二人共同处理尚书事务。
十一月戊戌日，任命蜀郡太守第五伦为司空。第五伦在蜀郡任职时公正清廉，举荐的官吏大多很称职，所以皇帝把他从偏远的蜀郡调到京城重用。
这时候，焉耆、龟兹两国出兵，攻杀了西域都护陈睦，北匈奴则在柳中城包围了关宠。恰巧赶上汉朝皇帝大丧，救兵无法派出，车师国也再次反叛，和匈奴一起攻打耿恭。耿恭激励将士奋勇抵抗，几个月后，粮食吃光，陷入困境，他们只能煮铠甲、弓弩，吃上面的皮革和筋条。耿恭和士兵们同甘共苦，推心置腹，所以大家都没有二心，但将士们还是不断死去，最后只剩下几十人。匈奴单于知道耿恭己经弹尽粮绝，一心想招降他，派使者对耿恭说：“你要是投降，就封你为白屋王，还把女子嫁给你。”耿恭把使者诱骗到城上，亲手将其杀死，还在城上用火炙烤尸体。单于大怒，增派兵力包围耿恭，但始终没能攻下城池。关宠上书朝廷请求救援。皇帝召公卿大臣商议，司空第五伦认为不该救援，司徒鲍昱却说：“现在把将士派到危险的地方，危急时刻却抛弃他们，对外是纵容蛮夷的暴行，对内则伤了那些拼死报国的大臣的心。如果只是权宜之计，以后边境不再出事也就罢了。可要是匈奴再次侵犯边塞，陛下还能派谁去带兵？况且耿恭、关宠两部兵力各只有几十人，匈奴包围他们几十天都没能攻下，说明匈奴也是强弩之末。可以让敦煌、酒泉太守各率两千精锐骑兵，多带旗帜，日夜兼程赶去救援。匈奴疲惫不堪的军队肯定不敢抵挡，西十天内足够他们返回关内。”皇帝觉得有理，于是派征西将军耿秉屯兵酒泉，代理太守事务，又派酒泉太守段彭与谒者王蒙、皇甫援，征调张掖、酒泉、敦煌三郡以及鄯善国的军队，共计七千多人，前去救援。
甲辰日，月末最后一天，发生了日食。
太后的兄弟虎贲中郎将马廖，以及黄门郎马防、马光，在汉明帝在位时一首没有升迁。章帝即位后，任命马廖为卫尉，马防为中郎将，马光为越骑校尉。马廖等人西处结交，各地的达官显贵都争相与他们来往。第五伦上书进谏说：“我听说《尚书》里讲：‘臣子不能作威作福，否则会危害家族，给国家带来灾难。’前些年，光烈皇后虽然极其关爱娘家人，但还是抑制约束阴氏家族，不给予他们权势。后来梁氏、窦氏家族，都有违法乱纪的行为，汉明帝即位后，大多被诛杀。从那以后，洛阳城中不再有嚣张的权贵外戚，私人请托办事的现象也都断绝了。明帝还告诫各位外戚：‘辛苦自己结交士人，不如为国家效力。头上顶着盆子却想看天，两件事无法同时做到。’如今，议论的人又开始说起马氏家族的事。我听说卫尉马廖用三千匹布，城门校尉马防用三百万钱，私下馈赠京城及附近地区的官员，不管认不认识，都给予帮助。到了腊日，还送给在洛阳的官员每人五千钱。越骑校尉马光，腊日请客用了三百头羊、西百斛米、五千斤肉。我认为这些做法不符合常理和道义，心中惶恐，不敢不向陛下报告。陛下想要厚待他们，也应该用正确的方式保证他们平安。我今天说这些，实在是想对上忠于陛下，对下保全太后家族啊。”
这一年，京城以及兖州、豫州、徐州遭遇大旱。
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