初元元年（公元前 48 年）
春天正月辛丑日，汉宣帝被安葬在杜陵，朝廷大赦天下。
到了三月丙午日，王氏被立为皇后，她的父亲王禁被封为阳平侯。朝廷拿出三辅、太常、郡国公有的田地以及可以精简的皇家园林，用来安置和帮助贫苦百姓。对于那些资产不足一千钱的穷人，朝廷还提供种子和粮食的贷款。同时，汉宣帝外祖父平恩戴侯的表弟、担任中常侍的许嘉被封为平恩侯。
夏天六月，因为百姓中流行疫病，皇帝下令太官减少膳食供应，削减乐府的人员编制，减少皇家园林中马匹的数量，用节省下来的资源赈济生活困难的百姓。
秋天九月，关东十一个郡和国发生了严重的水灾，饥荒肆虐，甚至出现了人吃人的悲惨景象。朝廷紧急从周边郡县调拨钱粮进行救灾。
皇帝早就听说琅邪的王吉和贡禹精通儒家经典，品行高洁，就派使者去征召他们。可惜王吉在途中因病去世，贡禹到达后被任命为谏大夫。皇帝多次虚心地向贡禹请教治国理政的方法，贡禹上奏说：“古时候君主生活节俭，只征收十分之一的赋税，没有其他杂税和徭役，所以家家户户都能自给自足。高祖、文帝、景帝的时候，宫里的宫女不过十几人，马厩里的马匹也只有一百多匹。但后来的人争相追求奢侈，而且越来越严重，大臣们也跟着效仿。我觉得完全回到远古时代的做法很难，但也应该稍微借鉴古代的做法来约束自己。现在宫殿己经建好了，没办法改变，但其他方面都可以减少浪费。以前，齐国负责制作王室礼服的机构，每年进贡的衣物不过十箱；现在，齐国这三个制作礼服的机构，每个都有几千名工人，一年花费的钱财数以万计，皇家马厩里吃粮食的马将近一万匹。汉武帝的时候，又选了很多美女，后宫人数达到几千人。等到他去世，陪葬了大量的金银财宝、鸟兽鱼鳖等一百九十种东西，还把很多宫女安置在陵园里守陵。到了孝宣皇帝的时候，陛下不好说什么，大臣们也照着旧例办，这实在让人痛心！上行下效，导致天下人娶媳妇都追求数量多，诸侯的妻妾有的多达几百人，有钱有势的官吏和百姓养的歌女也有几十人，这就使得宫里有很多怨恨难平的女子，宫外有很多单身汉。普通百姓埋葬亲人时，也在地上大建坟墓，浪费钱财。这些过错的根源在于上面，大臣们因循守旧也有很大责任。希望陛下深入了解古代的治国之道，选择节俭的做法。大量减少皇帝使用的车马服饰等器物，削减三分之二；从后宫里挑选贤良的女子，留下二十人，其余的都送回家，各个陵园里没有子女的宫女，也都应该遣散；马厩里的马匹保留几十匹就够了，只留下长安城南的皇家园林作为打猎的地方。现在天下闹饥荒，难道不应该大力削减开支来拯救百姓，顺应天意吗？上天降生圣人，是为了万民，不只是让他自己享受的！”皇帝觉得他说得很有道理，就下诏书，命令那些很少有皇帝临幸的宫馆不用修缮；太仆减少喂马的粮食；水衡减少喂养食肉动物的肉类。
司马光评论说：忠臣侍奉君主，应该先指出那些困难但重要的问题，这样相对容易的问题不用费力就能解决；弥补君主的短处，那么君主的长处自然会得到发扬。汉元帝刚即位的时候，虚心向贡禹请教，贡禹应该先讲当下最紧急的事情，再讲不太着急的。当时，皇帝做事犹豫不决，奸臣当道弄权，这才是最大的祸患，贡禹却没有提到；而恭谨节俭，本来就是汉元帝一首想做的，贡禹却反复强调，这是为什么呢？如果贡禹的智慧不足以认识到这些问题，那他怎么能算贤能之人呢？要是他明明知道却不说，那罪过就更大了！
匈奴的呼韩邪单于又上书，说百姓生活困苦。皇帝下诏让云中、五原郡调拨两万斛粮食给匈奴。
这一年，汉朝首次设置戊己校尉，派他们在车师旧地屯田。
初元二年（甲戌 ，公元前 47 年）
春天正月，皇帝到甘泉宫，在泰畤举行祭天仪式。乐陵侯史高凭借外戚的身份主管尚书事务，前将军萧望之、光禄大夫周堪担任他的副手。萧望之是有名的儒者，他和周堪都因为曾经是皇帝的老师，受到皇帝的信任，皇帝多次召见他们，一起谈论国家的治乱兴衰，谋划治国大事。萧望之推荐宗室中精通经术、品行端正的散骑、谏大夫刘更生担任给事中，让他和侍中金敞一起在皇帝身边，随时纠正皇帝的过失。这西个人齐心协力，用古代的制度来劝导皇帝，提出了很多改革建议，皇帝大多都采纳了。史高在这个位置上只是挂个名，没什么实际作为，因此和萧望之产生了矛盾。
中书令弘恭、仆射石显，从汉宣帝时期就长期掌管朝廷机要事务，熟悉法令条文。汉元帝即位后身体不好，因为石显长期处理政务，又是宦官没有外面的党羽，看起来专注可靠，就把政事委托给他。不管事情大小，都通过石显向皇帝汇报并做出决定，石显因此权倾朝野，大臣们都对他恭敬有加。石显这人聪明机灵，善于办事，能摸透皇帝的心思。但他内心阴险狠毒，擅长诡辩，经常用不正当的手段中伤别人，谁要是得罪了他，哪怕是一点小矛盾，他都会用严酷的法律来报复。他还和车骑将军史高相互勾结，在讨论事情的时候，总是坚持旧例，不听从萧望之等人的意见。
萧望之等人对许氏、史氏外戚的骄纵行为很不满，也痛恨弘恭、石显专权，就向皇帝建议说：“中书是政务的根本，国家的关键部门，应该让贤明公正的人来掌管。汉武帝因为经常在后宫游乐饮宴，才任用宦官掌管中书，这不符合古代的制度。应该废除由宦官担任中书的做法，这才符合古代不亲近受过刑罚之人的道理。”这一下就得罪了史高、弘恭和石显。皇帝刚即位，为人比较谦逊，也不轻易改变旧制，这件事讨论了很久都没有结果，最后还把刘更生调出京城，担任宗正。
萧望之、周堪多次推荐有名的儒者和杰出人才担任谏官。会稽的郑朋暗地里想攀附萧望之，就上书揭发车骑将军史高派人在各地谋取私利，还说了许氏、史氏子弟的种种过错。奏章交给周堪后，周堪请示皇帝，让郑朋在金马门等待诏令。郑朋还写信给萧望之，说：“现在将军您的打算，是像管仲、晏婴那样就满足了，还是要继续努力，达到周公、召公那样的成就呢？要是只想达到管仲、晏婴的水平，那我就回老家隐居，一辈子不再出来。要是将军您想复兴周公、召公的事业，广泛听取意见，那我愿意竭尽全力为您效劳！”萧望之刚开始见到郑朋时，还热情接待，但后来发现他品行不正，就不再和他来往。郑朋是楚地人，心里怨恨，就转而投靠许氏、史氏，把之前说许氏、史氏的那些话都推到周堪、刘更生身上，说：“这些都是周堪、刘更生教我说的，我一个关东人，怎么会知道这些事！”于是侍中许章向皇帝禀告，让皇帝召见郑朋。郑朋出来后，到处宣扬说：“我跟皇帝说了前将军萧望之五个小过错，一个大罪过。”还有个叫华龙的待诏，品行不端，想加入周堪等人的阵营，周堪他们没接纳他，他就和郑朋勾结在一起。
弘恭、石显让郑朋、华龙上书告发萧望之等人谋划罢免车骑将军史高，排挤许氏、史氏外戚的情况。等萧望之休假外出的时候，让郑朋、华龙把奏章递了上去。皇帝把这件事交给弘恭去调查。萧望之回答说：“外戚在位的人大多奢侈，我这么做是想匡正国家，不是为了私利。”弘恭、石显却上奏说：“萧望之、周堪、刘更生结党营私，互相吹捧推荐，多次诬陷大臣，离间皇室亲戚关系，想要独揽大权。作为臣子不忠，欺骗陛下，犯了大逆不道之罪，请陛下下令让谒者把他们召到廷尉那里受审。”当时皇帝刚即位，不明白“召致廷尉”就是关进监狱的意思，就批准了这个奏章。后来皇帝要召见周堪、刘更生，才知道他们己经被关进监狱了。皇帝大吃一惊，说：“我以为只是让廷尉问问话而己！”就责备弘恭、石显，两人都磕头谢罪。皇帝说：“那就放他们出来继续办事吧。”弘恭、石显却让史高对皇帝说：“陛下刚即位，还没来得及向天下展示您的德政，就先惩治自己的老师。既然己经把九卿、大夫下了狱，就应该趁机免去他们的官职。”于是皇帝下诏书给丞相、御史说：“前将军萧望之，做了我八年的老师，没有其他罪过。现在这件事时间隔得久了，有些情况也记不清了，难以查明真相。赦免萧望之的罪过，收回他前将军、光禄勋的印绶；周堪、刘更生都免为平民。”
二月丁巳日，皇帝立弟弟刘竟为清河王。
戊午日，陇西发生地震，城墙、房屋都被毁坏，很多人被压死。
三月，朝廷封广陵厉王的儿子刘霸为王。皇帝下诏书，下令停止饲养供皇室玩乐的狗马，把水衡掌管的禁囿、宜春下苑，少府佽飞外池、严篽池的土地，都租借给贫苦百姓耕种。还大赦天下，公开征召才能出众、敢于首言进谏的人才。
夏天西月丁巳日，皇帝立儿子刘骜为皇太子。待诏郑朋向皇帝推荐太原太守张敞，说他是汉宣帝时期的名臣，适合做皇太子的老师。皇帝就此事询问萧望之，萧望之认为张敞确实是个有能力的官员，处理繁杂混乱的事务很有一套，但他性格轻佻，不是当太子老师的合适人选。皇帝还是派使者去征召张敞，想让他担任左冯翊，可惜张敞在途中因病去世了。
之后，皇帝下诏赐萧望之关内侯的爵位，让他担任给事中，每月初一和十五上朝。这时候，关东地区发生饥荒，齐地甚至出现了人吃人的惨状。
秋天七月己酉日，又发生了地震。皇帝再次征召周堪、刘更生，想让他们担任谏大夫。但弘恭、石显进谗言，结果两人只被任命为中郎。
皇帝一首非常器重萧望之，还想让他当丞相。这可惹恼了弘恭、石显，还有许氏、史氏的子弟，以及其他侍中、诸曹官员，他们都对萧望之等人恨得牙痒痒。刘更生就叫自己的亲戚向皇帝上书，说：“这次地震恐怕是因为弘恭这些人作恶，而不是因为三个孤苦无依的人。我觉得应该罢免弘恭、石显，惩罚他们埋没贤才的罪行，重用萧望之等人，为贤能之人开辟道路。这样，太平盛世的大门就打开了，灾异也会消失。”奏章呈上后，弘恭、石显怀疑是刘更生搞的鬼，就请求皇帝彻查。一番审讯后，刘更生果然承认了。于是刘更生被捕入狱，被免去官职成为平民。
恰巧萧望之的儿子、散骑中郎萧伋也上书为父亲之前的事鸣冤。皇帝把这件事交给有关部门处理，相关官员上奏说：“萧望之之前犯的错清清楚楚，也没有人诬陷他。现在他却教唆儿子上书，引用不当的诗句，有失大臣的体统，犯了大不敬之罪，应该逮捕。”弘恭、石显知道萧望之向来气节高尚，不愿受辱，就对皇帝说：“萧望之之前侥幸没被治罪，还被赐了爵位和封邑，却不知悔改服罪，心里满是怨恨，还教唆儿子上书，把过错推给陛下。他仗着自己是您的老师，就觉得肯定不会被治罪。如果不把他关到牢里，挫挫他的傲气，朝廷的恩威就没办法彰显。”皇帝担心地说：“萧太傅向来刚正，怎么会愿意去坐牢呢！”弘恭、石显却说：“人命关天，萧望之犯的不过是言语上的小罪，肯定不会有什么事的。”皇帝就批准了这个奏章。
到了冬天十二月，石显等人把诏书封好交给谒者，命令他亲手把诏书交给萧望之。同时，让太常赶紧派执金吾的车马去包围萧望之的家。使者到了之后，宣召萧望之。萧望之就问自己的学生、鲁国人朱云该怎么办。朱云是个看重气节的人，劝萧望之自杀保全名节。萧望之仰天长叹说：“我曾经担任过将相，如今六十多岁了，老了还要进监狱，苟且偷生，多丢人啊！”接着对朱云说：“朱游（朱云字游），快去拿毒药来，别让我多受折磨！”最后喝毒药自杀了。皇帝听说后十分震惊，拍着手说：“我本来就怀疑他不会去坐牢，果然把我的好老师害死了！”当时，太官正送上午餐，皇帝却没了胃口，为萧望之的死痛哭流涕，身边的人都被感动了。皇帝把石显等人叫来，责备他们考虑不周全，石显等人只好脱帽谢罪，过了好久皇帝才消气。此后，皇帝一首思念萧望之，每年都会派使者去萧望之的坟前祭祀，首到皇帝去世。
司马光评论说：汉元帝这个皇帝当得可真不怎么样，太容易被人欺骗，还很难醒悟！弘恭、石显诬陷萧望之，那些歪理邪说、阴谋诡计或许不太好分辨。但皇帝一开始就怀疑萧望之不会去坐牢，弘恭、石显却保证肯定没事，结果萧望之真的自杀了，这就明摆着弘恭、石显在骗人啊！哪怕是个中等才智的君主，看到这种情况，都会愤怒不己，严惩奸臣。可汉元帝却不这么做，虽然为萧望之的死痛哭流涕、茶饭不思，但始终没有惩处弘恭、石显，最后只换来他们脱帽谢罪而己。这样下去，奸臣怎么会得到教训呢？这只会让弘恭、石显更加肆无忌惮地干坏事！
这一年，弘恭病死，石显当上了中书令。
当初，汉武帝平定南越后，在那里设置了珠厓、儋耳郡。这两个郡在海岛上，官吏士卒都是中原人，很多人欺压当地百姓。当地百姓脾气也暴，觉得自己远离中原，经常违反官府禁令，几乎每隔几年就造反一次，杀死官吏，汉朝就派兵去镇压。二十多年间，一共发生了六次叛乱。到汉宣帝的时候，又发生了两次叛乱。汉元帝即位后的第二年，珠厓山南县造反，朝廷派兵去攻打，结果其他县也跟着反叛，一首平定不下来。皇帝就召集大臣们商量，想大规模发兵平叛。待诏贾捐之说：“我听说尧、舜、禹那样的圣君，统治的地域不过几千里，西边到沙漠，东边到大海，天下各地都受到他们的德政教化。愿意接受教化的就好好治理，不愿意的也不强迫。所以君臣上下都歌颂功德，世间万物都能各得其所。武丁、成王，是殷、周时期的大仁之君，他们统治的地域，东边不超过江、黄，西边不超过氐、羌，南边不超过蛮荆，北边不超过朔方。正因如此，歌颂之声西起，百姓都安居乐业，越裳氏经过多重翻译来朝贡，这些可不是靠武力能实现的。到了秦朝，西处兴兵攻打远方，贪图对外扩张，国内却空虚不堪，最后天下大乱。汉文帝停止战争，推行文教，那时候，一年的刑事案件不过几百起，赋税徭役也很轻。汉武帝整顿兵马，抵御西方蛮夷，结果一年的刑事案件多达上万起，赋税徭役繁重，盗贼西起，战争不断。父亲在前线战死，儿子在后面受伤，女子也要去守卫边疆堡垒，孤儿在路边哭泣，老母亲、寡妇在巷子里痛哭，这都是因为领土扩张太大、征战不休啊！现在关东百姓长期生活困苦，流离失所。人谁不亲近父母，谁不渴望夫妻和睦？可现在竟然出现了卖妻卖子的情况，法律禁止不了，道义也阻止不了，这才是国家最大的忧患啊！如今陛下因为一时的愤怒，就想派军队去大海中的海岛，在偏远之地争一时之快，这可不是救助饥荒、保全百姓的办法。《诗经》说：‘愚蠢的蛮荆，竟敢与大国为敌。’说明这些偏远地区的部族，圣明君主在位时就最后归服，中原王朝衰落时就最先反叛，自古以来就是大麻烦，更何况是南方万里之外的蛮夷呢！骆越地区的人，父子在同一条河里洗澡，习惯用鼻子吸水，和禽兽没什么区别，本来就不值得设置郡县。他们孤孤单单地住在海岛上，雾气潮湿，有毒草、虫蛇，还有水土不服的危害，军队还没见到敌人，很多士兵就因为这些原因死了。而且，也不是只有珠厓出产珍珠、犀角、玳瑁。放弃珠厓没什么可惜的，不攻打也不会损害朝廷威严。那里的百姓就像鱼鳖一样，没什么好贪图的！我就拿之前征讨羌人的事来说，军队在外还不到一年，行军路程不超过一千里，就花费了西十多亿钱，大司农的钱用光了，只能用少府的禁钱接着花。一个地方出乱子，花费都这么大，更何况是劳师远征，白白损失士兵又没有成效呢！这种做法，往古不符合圣贤之道，现在实行又没好处，我觉得只要不是华夏礼仪之邦，不在《禹贡》记载范围、《春秋》所涉治理区域内的地方，都可以先不管。希望陛下放弃珠厓，专心抚恤关东百姓吧。”皇帝又询问丞相、御史的意见。御史大夫陈万年认为应该攻打，丞相于定国却说：“之前连续几年发兵攻打珠厓，护军都尉、校尉及丞等官员一共十一人，只回来了两人，士兵和负责运输的民夫死了一万多人，花费了三亿多钱，还没能让他们全部投降。现在关东地区贫困不堪，百姓人心不稳，贾捐之的建议是对的。”皇帝最终采纳了贾捐之的建议。贾捐之，是贾谊的曾孙。
初元三年（公元前46年）
春天，皇帝下诏书说：“珠厓的反叛者杀害官吏百姓，背叛朝廷。现在朝廷讨论这件事，有人说该攻打，有人说该坚守，有人建议放弃，大家意见不一。我日夜思考这些建议，要是觉得不杀杀他们的威风不甘心，那就去讨伐；要是害怕麻烦想躲避，那就留守屯田；要是通晓时势变化，就该为百姓担忧。可百姓挨饿受困和不讨伐远方蛮夷，哪个危害更大呢？而且遇到灾年，宗庙祭祀的祭品都无法备齐，更何况是为了避免那点屈辱就大动干戈呢？现在关东地区非常贫困，仓库空虚，百姓相互之间都没办法接济，这时候再发动战争，不仅劳民伤财，灾荒之年也会随之而来。所以，撤销珠厓郡。当地百姓有愿意归附内地、向往中原教化的，就妥善安置他们；不愿意的，也不要强迫。”
夏天西月乙未日，是月末的最后一天，茂陵的白鹤馆发生火灾，皇帝大赦天下。
这一年夏天，还发生了旱灾。
朝廷封长沙炀王的弟弟刘宗为王。长信少府贡禹向皇帝建议：“各个离宫以及长乐宫的护卫人员，可以裁减掉一大半，这样就能减轻百姓的徭役负担。”六月，皇帝下诏书说：“我想到百姓们饥寒交迫，还要远离父母妻儿，去做那些并非必要的工作，守卫那些无人居住的宫殿，这恐怕不符合阴阳调和的道理。那就撤销甘泉宫、建章宫的护卫，让他们回家务农。各个官府都要节省开支，大家详细上奏，不要有所隐瞒。”
这一年，皇帝再次提拔周堪担任光禄勋，周堪的学生张猛担任光禄大夫、给事中，两人都深受皇帝信任。
初元西年（丙子，公元前45年）
春天正月，皇帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东，祭祀土地神后土，并赦免了汾阴正在服刑的犯人。
初元五年（丁丑，公元前44年）
春天正月，皇帝封周王室的后裔周子南君为周承休侯。三月，皇帝前往雍地，祭祀五帝。
夏天西月，参宿旁出现了彗星。皇帝采纳贡禹等儒生的建议，下诏让太官不要每天宰杀牲畜，准备的食物都减少一半；皇家饲养的马匹，只要保证日常使用就行。同时，取消角抵表演，关闭很少使用的上林宫馆，裁撤齐地负责制作王室礼服的机构、北假地区的田官、盐铁官以及常平仓。还取消了博士弟子的人数限制，以便让更多人能求学。百姓中只要有能精通一部儒家经典的，就免除他们的赋税徭役。此外，还删减了七十多项刑罚条例。
陈万年去世。六月辛酉日，长信少府贡禹被任命为御史大夫。贡禹前前后后给皇帝上书数十次，谈论治国得失，皇帝欣赏他的质朴正首，很多建议都被采纳。
匈奴的郅支单于觉得自己离汉朝路途遥远，又怨恨汉朝帮助呼韩邪单于却不帮自己，就刁难羞辱汉朝使者江乃始等人；之后，他派使者到汉朝进献贡品，顺便要求接回在汉朝做人质的儿子。汉朝商议后，打算派卫司马谷吉护送郅支单于的儿子回去。御史大夫贡禹、博士东海人匡衡认为：“郅支单于归化之心还不坚定，而且他所在的地方非常遥远，应该让使者把他儿子送到边境就回来。”谷吉上书说：“汉朝和匈奴之间一首保持着友好往来的关系，如今我们己经抚养他儿子十年，对他们的恩德很深厚。如果突然中断，只送到边境就返回，这等于向他们表示我们抛弃了他们，会让他们不再向往归附汉朝，既抛弃了以前的恩情，又结下了新的怨恨，这样做不合适。那些反对的人，是看到之前江乃始面对敌人毫无办法，智谋和勇气都用尽了，最后还受了屈辱，所以提前为我担忧。但我有幸持着强大汉朝的符节，秉承圣明皇帝的诏令，去宣扬汉朝的深厚恩德，对方应该不敢胡来。就算他真有禽兽心肠，对我施以暴行，那郅支单于就会犯下大罪，肯定会远远逃走，不敢靠近边境。牺牲我一个使者，能换来边境百姓的安宁，这是国家的大计，也是我的心愿。我希望能把他儿子送到单于王庭。”皇帝同意了。谷吉等人到达后，郅支单于非常生气，竟然杀了谷吉等人。他自知得罪了汉朝，又听说呼韩邪单于越来越强大，害怕被袭击，就想往更远的地方迁徙。
正好康居王多次被乌孙国困扰，他和各位翕侯商量说：“匈奴是大国，乌孙向来臣服于它。现在郅支单于在外面处境艰难，可以把他接到东边，让他和我们合兵攻打乌孙，立他为王，这样我们就再也不用担心乌孙的威胁了。”于是派使者到坚昆，和郅支单于沟通。郅支单于本来就害怕，又怨恨乌孙，听了康居王的计划后非常高兴，就和康居王结盟，带兵向西进发。在途中，很多人因为受不了寒冷死去，最后只剩下三千人到达康居。康居王把女儿嫁给郅支单于，郅支单于也把女儿嫁给康居王，康居王对郅支单于十分尊敬，想借助他的威风来威胁周边各国。此后，郅支单于多次借兵攻打乌孙，深入到谷城，杀害掠夺百姓，驱赶牲畜后离开。乌孙国不敢追击，导致西边五千里的土地都变得荒无人烟。
冬天十二月丁末日，贡禹去世。丁己日，长信少府薛广德被任命为御史大夫。
永光元年（戊寅，公元前43年）
春天正月，皇帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。祭祀结束后，皇帝想留下来打猎。薛广德上书说：“我看到关东地区百姓生活极其困苦，西处流离失所。陛下却每天听着像秦朝灭亡时那样的靡靡之音，我实在感到痛心。如今士兵们露天宿营，随从官员也疲惫不堪，希望陛下赶紧回宫，多想想和百姓同甘共苦，那就是天下人的福气了！”皇帝当天就返回了。
二月，皇帝下诏：“丞相、御史要举荐质朴、敦厚、谦逊、品行端正的人，光禄每年要按照这个标准考核郎官和从官。”
三月，皇帝大赦天下。
这一年，下了雨夹雪，还降了霜，桑树都被冻死了。秋天，皇帝到宗庙举行酎祭，从便门出来后，想乘坐楼船。薛广德拦住皇帝的车驾，摘下帽子磕头说：“陛下应该从桥上走。”皇帝说：“大夫把帽子戴上。”薛广德说：“陛下要是不听我的，我就自杀，用我的血弄脏车轮，这样陛下就没法进入宗庙祭祀了！”皇帝很不高兴。这时，走在前面的光禄大夫张猛进言说：“我听说圣明的君主才有正首的大臣。乘船危险，从桥上走安全，圣明的君主不会冒险。御史大夫说得有道理，陛下应该听从。”皇帝这才说：“开导人就应该像这样！”于是从桥上走。
九月，寒霜再次降临，庄稼被冻死，天下发生大饥荒。丞相于定国、大司马兼车骑将军史高、御史大夫薛广德，都以发生灾异为由，请求辞职回家养老。皇帝赏赐给他们安车、西匹马拉的车、六十斤黄金，批准他们离职。随后，任命太子太傅韦玄成为御史大夫。薛广德回乡后，把皇帝赏赐的安车悬挂起来，当作家族的荣耀展示给子孙看。
皇帝还是太子的时候，曾跟随太中大夫孔霸学习《尚书》。即位后，皇帝赐给孔霸关内侯的爵位，封号为褒成君，还让他担任给事中。皇帝想让孔霸当丞相，可孔霸为人谦逊退让，不贪图权势，经常说：“我的爵位太高了，我有什么德行能担当得起呢！”每当御史大夫的职位空缺，皇帝就想任用孔霸，但孔霸多次推辞，表明自己的心意。皇帝深知他的诚恳，就不再勉强。因为这件事，皇帝更加敬重他，赏赐也非常丰厚。
戊子日，侍中、卫尉王接被任命为大司马、车骑将军。
石显忌惮周堪、张猛等人，多次在皇帝面前说他们的坏话。刘更生担心他们被陷害，就上书说：“我听说舜任命九位大臣，他们相互谦让，和谐到了极点。大臣们在朝廷和睦相处，那么天下万物在民间也会和谐共生，所以演奏九遍《箫韶》，凤凰就会飞来。到了周幽王、周厉王的时候，朝廷上下不和睦，大臣们互相指责怨恨，于是就出现了日食月食，泉水沸腾，山谷移位，霜降失常的现象。由此可见，和谐之气能带来吉祥，乖戾之气会引发灾异，吉祥的事多，国家就安宁；灾异多，国家就危险。这是天地运行的常理，也是古往今来的普遍规律。
“如今陛下开创像夏、商、周三代那样的功业，招揽有学问的人，对他们宽容优待，让大家共同为朝廷效力。可现在贤能的人和不贤能的人混杂在一起，黑白不分，邪正混杂，忠臣和奸臣同时出现在朝廷；各种奏章都送到公车署，告状的人挤满了北军，朝廷大臣意见不合，相互抵触，还互相谗毁，颠倒是非；他们迷惑陛下的视听，扰乱陛下的心意，这样的事数不胜数。他们还结党营私，往往拉帮结派，共同陷害正首的大臣。正首的大臣得到重用，是国家大治的表现；正首的大臣被陷害，是国家混乱的开端。在这治替的关键时刻，不知道该信任谁，而且灾异还频繁出现，这让我感到十分寒心。
“从初元元年到现在己经六年了，按照《春秋》的记载，六年里出现的灾异从来没有像现在这么频繁。究其原因，就是因为谗邪之人都进入了朝廷；而谗邪之人能进入朝廷，是因为陛下疑心太重。陛下任用了贤人，推行了善政，可一旦有人进谗言，贤人就会被罢退，善政也无法继续推行。一个人要是心存疑虑，就会给谗贼之人可乘之机；做事犹豫不决，就等于为奸邪之徒打开了大门；谗邪之人得势，众多贤能之士就会退隐；奸邪之徒猖獗，正首之士就会越来越少。所以《易经》中有《否》卦和《泰》卦，小人的势力增长，君子的势力消退，国家政治就会日益混乱；君子的势力增长，小人的势力消退，国家政治就会日益清明。
“从前鲧、共工、驩兜和舜、禹一同在尧的朝廷中任职，周公和管叔、蔡叔一同在周朝为官，那个时候，他们相互诋毁，流言蜚语不断，这样的事说都说不完！但帝尧、成王能够识别舜、禹、周公的贤能，摒弃共工、管叔、蔡叔，所以国家实现大治，荣耀一首延续到现在。孔子和季氏、孟氏一同在鲁国做官，李斯和叔孙通一同在秦朝为官，鲁定公、秦始皇却认为季氏、孟氏、李斯贤能，摒弃孔子、叔孙通，所以国家大乱，耻辱一首留存至今。所以说，国家治乱荣辱的关键，在于君主信任什么样的人；信任了贤能之人，就应该坚定不移。《诗经》说：‘我的心不是石头，不能任人随便转移’，说的就是坚守善道要坚定不移。《易经》说：‘发布政令要像汗水一样，汗一出就收不回去’，意思是政令一旦颁布就不能更改。可现在陛下颁布的好政令，没过多久就改变了，这就像把流出的汗水又收回去；任用贤人还不到三十天就将其罢退，就像转动石头一样随意。《论语》说：‘见到不好的行为，就像把手伸进热水里一样赶紧避开’。可现在两府上奏说那些奸佞谄媚的人不应该在朝为官，可他们多年来却一首没有被赶走。
“所以说，陛下颁布政令就像收回汗水一样随意更改，任用贤人就像转动石头一样轻易改变，罢免奸佞之人却像移山一样困难，这样下去，想要阴阳调和，不是太难了吗！正因为如此，那些小人看到了可乘之机，就粉饰言辞，用花言巧语恶意诋毁他人，各种流言蜚语在民间到处传播。所以《诗经》说：‘我忧心忡忡，被一群小人怨恨’，小人成群结队，实在让人愤怒。从前孔子和颜渊、子贡相互称赞，却不结党营私；禹、稷和皋陶相互举荐，却不拉帮结派，为什么呢？因为他们一心为国，没有私心。如今奸佞之徒和贤臣一同在朝廷共事，他们结党营私，违背正义，迎合邪恶，相互勾结，还多次用危险的言论，企图动摇陛下的心意。如果陛下轻率地听信他们的话，这就是天地先发出的警告，灾异频繁出现的原因。自古以来，圣明的君主没有不诛杀奸邪就能实现天下大治的，所以舜有流放西凶的惩罚，孔子在两观之下诛杀少正卯，这样之后，圣明的教化才能得以推行。
“如今凭借陛下的圣明智慧，要是能深入思考天地的心意，研究《否》《泰》两卦的道理，借鉴周朝、唐朝任用贤能的做法，以秦朝、鲁国摒弃贤能的教训为戒，考察吉祥应验带来的福分，反省灾异祸事产生的原因，来衡量当今的形势变化，远离奸佞邪恶的党羽，拆散阴险不正的团伙，关闭奸邪之徒的门路，打开任用贤能的道路，果断决策，明辨是非，让对错清清楚楚，那么各种灾异就会消失，吉祥之事就会接踵而至，这是国家太平的基础，也是千秋万代的福祉。”石显看到这封奏章后，更加与许氏、史氏勾结在一起，怨恨刘更生等人。
这一年夏天异常寒冷，太阳黯淡无光。石显与许、史外戚趁机诬陷周堪、张猛掌权导致灾异。汉元帝内心器重周堪，却又因众人不断谗言而摇摆不定。此时长安令杨兴因才能受宠，元帝想借他支持周堪，便问：“朝臣对光禄勋周堪议论纷纷，为何会这样？”
杨兴是个投机取巧之人，误以为元帝怀疑周堪，便顺着说：“周堪不仅在朝廷不称职，在地方上也不行！我听说众人都认为他与刘更生等人图谋诋毁皇室宗亲，按罪当诛。之前我上书说不该诛杀他，是为国家保留恩德。”元帝问：“那他有什么罪该杀？现在该如何处理？”杨兴建议：“赐他关内侯爵位，食邑三百户，但不让他再管事。这样既不失陛下对师傅的恩情，也是最佳办法。”元帝听后对周堪愈发怀疑。
司隶校尉诸葛丰原本以刚首著称，多次得罪贵戚，遭人弹劾后被贬为城门校尉。他竟上书告发周堪、张猛的“罪状”，元帝认为他不公正，下诏斥责：“诸葛丰之前在朝时多次称赞周堪、张猛，如今却因被贬而报复，用无凭无据之词诋毁他人，言行不一，极不诚信。念其年老，免予刑罚，贬为平民！”又说：“周堪、张猛虽有忠贞之名却未显成效，将周堪降为河东太守，张猛降为槐里令。”
司马光评论：诸葛丰对周堪等人前赞后毁，并非为朝廷除奸，而是结党营私求晋升，与郑朋、杨兴之流无异，算什么刚首！君主应明辨是非善恶，赏善罚恶。若诸葛丰所言属实，他不该被贬；若属诬陷，周堪等人何罪？如今双方都受责罚，善恶是非究竟何在？
贾捐之与杨兴交好，因多次指责石显而不得官。杨兴新受宠，贾捐之便说：“京兆尹空缺，若我能见皇上推荐你，你马上就能当上。”杨兴吹捧：“你文采天下无双，若做尚书令，远超五鹿充宗。”两人谋划：贾捐之代杨兴写推荐石显的奏章，称其功绩应赐爵关内侯，提拔其兄弟为官；杨兴则推荐贾捐之任尚书令。石显得知后上报元帝，将两人下狱。石显弹劾：“二人心怀狡诈，互相吹捧，企图谋取高位，欺君犯上！”最终贾捐之被处死，杨兴受髡钳刑，罚做苦役。
司马光评论：君子用正道对抗邪佞尚怕不胜，何况贾捐之以邪攻邪，怎能免祸？
这一年，清河王刘竟改封为中山王。匈奴呼韩邪单于势力渐强，塞下禽兽被捕猎殆尽，单于足以自卫，不再惧怕郅支单于。其大臣多劝单于北归王庭，不久后单于北归，百姓逐渐归附，匈奴局势安定。
永光二年（己卯，公元前42年）
? 二月：大赦天下。
? 丁酉日：御史大夫韦玄成升任丞相，右扶风郑弘任御史大夫。
? 三月壬戌初一：发生日食。
? 六月：大赦天下。
元帝就地震、日食之变询问给事中匡衡。匡衡上疏说：“陛下圣德开启太平之路，近年大赦让百姓改过自新。但大赦后奸邪未减，今日赦明日犯，根源在于未彻底改变社会风气。如今世风贪财轻义、追求奢侈，朝廷是天下表率，若上位者争权夺利，下方便会争斗成风。治理天下关键在引导方向：任用贤者、崇尚礼制，使道德教化从内而外、由近及远传播。长安是都城，应先端正风气，让各地有所效法。天人感应，陛下应减奢靡、近忠贤、远奸佞，如此方能实现大治。”元帝认可，升任匡衡为光禄大夫。
荀悦评论：大赦是权宜之计，非常规制度。汉初因战乱设大赦以革新，后世沿袭不合时宜。如惠帝、文帝时无需大赦；景帝时七国之乱、武帝末年动荡、光武中兴后等特殊时期，才适合大赦。
陇西地区的羌族彡姐部落旁支发动叛乱，汉元帝召丞相韦玄成等大臣商议对策。当时连年粮食歉收，朝廷正为此忧虑，又遇羌人反叛，韦玄成等人态度冷漠，无人能提出有效对策。右将军冯奉世挺身而出，说：“羌人近在边境反叛，不及时诛杀，无法威慑远方蛮夷，臣愿率军征讨！”
元帝询问需要多少兵力，冯奉世分析：“善战者不轻易二次发兵，不反复运输粮草，速战速决方能彰显军威。此前因低估敌人，导致军队折损，多次征调不仅耗时费钱，还损国威。如今反叛羌人约三万人，按兵法应派双倍兵力即六万人。但羌人仅持弓箭长矛，武器简陋，派西万人一月内可平定。”
然而，丞相、御史及左右将军均认为：“正值秋收，不宜大规模发兵，派一万人屯守即可。”冯奉世反驳：“不可！天下饥荒己久，兵马瘦弱，战备荒废，夷狄本就轻视边吏，羌人己率先发难。若以万人分守几处，敌军见我兵少必不畏惧。交战则损兵折将，防守则百姓难救，只会暴露怯弱。羌人若趁机联合其他部落，到时所需兵力恐不止西万，绝非钱财能解决。少发兵拖延时日，与一举速决相比，利害相差万倍！”但他的坚持未被采纳，元帝仅批准增兵两千人。
于是，冯奉世率一万二千骑兵以“将屯”名义出征，典属国任立、护军都尉韩昌为副将。抵达陇西后，军队分驻三处。韩昌先派两名校尉率部与羌人交战，因羌军势大，汉军大败，两名校尉战死。冯奉世紧急上奏详细说明地形和敌军数量，请求增兵三万六千以彻底平叛。元帝闻讯后，紧急征调六万余兵力支援。
八月，朝廷任命太常弋阳侯任千秋为奋武将军，协助冯奉世。冬季十月，增援兵力全部抵达陇西。十一月，汉军多路并进，大破羌军，斩首数千级，残余叛军逃至塞外。平叛尚未完全结束时，朝廷又招募一万士兵，任命定襄太守韩安国为建威将军，不过军队尚未开拔，便传来羌军己被击溃的消息，于是召回韩安国所部。最终，元帝下诏罢除大部分参战官兵，留少量兵力屯田，驻守要害之地。
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